在准备彻底解决倭国的同时，朱允炆对边镇进行了大调整。
在东北待了两年的开国公常升奉调回京，主持中军都督府；坐镇西北的毅国公平安回京述职后，前往北京坐镇，防止蒙古军南下。
朱棣叛乱被平定后，北平改称北京，北平布政使司、北平都司、北平行都司分别改为河北布政使司、河北都司和河北行都司。
平安到任后，朱允炆命其前往热河上营筑城，取名承德，同时河北行都司改名热河都司（依然隶属河北都司管辖），这很可能会触动周围蒙古部落的神经，所以需要平安这种大将坐镇。
河北都司郭钥奉调回京，担任军机处行走，河北都司由原近卫第一军指挥使张伦接任。
新任热河都司为张瀚北，他就是盛庸麾下有名的悍将——“皂旗张”张悍天，他在平定朝鲜时立下战功，被赐封子爵，但礼部在册封时觉得这个名字有点太那个了，朱允炆知道后也觉得有些不舒服，就将其赐名张瀚北。
原绥远都司宋瑄调任陕西都司，原第五骑兵军指挥使龙凯接任绥远都司。
陕西行都司改名甘肃都司，原近卫第九骑兵军指挥使张辅任甘肃都司，依然隶属陕西都司。
原辽东都司吴升调任朝鲜，任朝鲜都司，海东都司归属其指挥。
辽东都司由第三骑兵军指挥使王忠接任，黑龙江都司由近卫第八骑兵军指挥使熊海担任，吉林都司由安平伯李远担任，辽东都司、黑龙江都司统归吉林都司指挥。
长兴侯耿璇前往东北，接替常升，坐镇长春，辖区包括辽宁、吉林、黑龙江和朝鲜北部。
原湖广都司谭远调任云南，担任云南都司；近卫第二步兵军指挥使曹玉书调任广西，担任广西都司。
原贵州都司何福调任总监察部，担任监察侍郎，庄得接任贵州都司。
除此之外，朱允炆还对情报部门进行了改组，其中情报司改称军情局，隶属总参谋部；安全司改称安全局，隶属皇帝；调查一司、二司改称调查一局和调查二局。
忠贞伯宋承平免去安全局局长职务，调任湖广都司佥事；军情局局长铁无尘调任海东，担任海东都指挥佥事
总之，经过这次调整，老将纷纷调入京师，担任闲职；近卫军指挥使——武学的第一批学员中的佼佼者纷纷晋升为中将，同时晋升为都司，执掌边疆兵权；同时，新一代近卫军指挥使也纷纷成长起来，他们都是武学（现在的陆军大学）培养出来的，文化水平和专业程度上，都有较大的提高。
通过这次调整，朱允炆将军方将领五年调任和士兵七年复员制度化和规范化，最大限度的减少了将领拥兵自重的可能。
征倭虽然很重要，却并不是朱允炆的第一要务，他最看重的是开拓东北，当然如今的东北还包括朝鲜在内。
耿璇前往东北，是为了继续整合东北的军队，同时也是为了从侧翼威胁蒙古。
自瓦剌西撤后，蒙古草原的形势发生了很大变化，如今的蒙古已经分为东西两个部分，和林以西为瓦剌，以东为黄金家族属部，首领为祥元汗地保奴。
瓦剌西归后不久，大首领乌格齐病逝。自统一瓦剌四部后，乌格齐的身体一直不好，在地保奴返回草原后，乌格齐自觉不久于人世，所以放弃了与地保奴争雄的想法，率部西归。
继位为大首领的额色库，采纳了国师王行的建议，于建文八年，向明朝派出使者，请求册封和互市。
综合各方面的考虑后，朱允炆派使者册封额色库为“恭睿王”，互市地点设在哈密，不许进入嘉峪关。
同时朱允炆还对茶马互市政策做了调整，除了茶马司之外，允许商人携带茶叶前往哈密交易马匹，但对出关的茶叶和入关的马匹征收重税，用以补贴边防。
得到敕封的额色库非常感激，上表愿意征讨东部蒙古，却被朱允炆拒绝。相反，朱允炆以对大明使者不恭之名，令其