在足利义满看来，涩川满赖并不适合披坚执锐、号令大军，这一点从他担任九州探题时轻易放弃九州，宁愿去闯暗流汹涌的丰后水道，也不愿意去面对汹汹而来的明国大军，就可以看得出来。
但是，经过这种挫折的涩川满赖，却被足利义满发现了他的另一方面才能，也就是作为策士，为主家出谋划策的才能；而且涩川满赖丢失九州，可谓罪不容诛，义满觉得只要自己保护他，他就不会有二心，当然，必要的小心还是需要的。
在足利义满整合军队的同时，征倭军同样在进行整合。
根据皇帝朱允炆的昭命，成立海东行都司，下辖倭国全部，都指挥使为楚智，监察使为陆长生，近卫第六军指挥使邵云接任征倭军参谋长，第六军参谋长梅新田接任军指挥使。
但目前征倭军只控制了筑紫岛（九州岛）和伊予岛（四国岛），所以只能先设立十三个卫所，基本疆域与倭国封国相似，楚智和陆长生只做了微调。
十三卫中，倭人将领有两个，分别萨摩卫佥事少贰贞赖和日向卫佥事李从善；朝鲜将领有两人，分别是肥前卫的许保和土佐卫的金南轩；其余九卫则全部是汉将。
按照惯例，十三卫中还设立了屯田使，兼任监察使。
卫所设立，其实是一个很残酷的过程。卫所设立一般分为两种，一种是外来军户，一种是圈民为军。
前者常见于开疆拓土之时，比如洪武帝北伐之时，北伐大军会逐渐化整为零，分布到各地生根，成为当地卫所的一员。这种情况是比较好的，因为当地有太多的无主荒地，足够设立卫所，这样无论对恢复生产，还是对士兵本身，都是非常不错的选择。
但是，还有另外一种情况，那就是设立卫所的地方没有荒地，但是由于某种原因必须设立卫所，那就需要剥夺当地百姓的土地，百姓失去土地，变成流民，可谓凄惨之极。
至于圈民为军，弊端就更多了，首先民户转军户，并不是那么轻松愉快；其次，民户土地数量远不如军户，所以为了达到卫所的规模，附近百姓的土地也会被剥夺，他们同样会失去土地，成为流民。
无论何种原因，设卫造成的流民都是社会稳定的最大威胁。
所以，在大明统一之后，洪武帝对于新设立卫所是非常谨慎的。
建文帝朱允炆登基之后，情况有所不同，绥远、东北、朝鲜各地新设立卫所的数量已经超过五十，但总体上并没有出现什么问题，因为即使失去了土地，其他地方还有足够的土地，所以只要迁移过去就可以了，比如东北新开拓的卫所，就有不少朝鲜迁移过去的百姓。
海东行都司的卫所设立，其实是一个比较残酷的过程。
卫所的部分兵员来自于福建、浙江一带，那些地方山多地少，流民较多，朱允炆有意识的将其迁走一部分，缓解一下社会矛盾；除此之外，还有部分兵员来自于辽东的女真、投降的蒙古人，甚至还包括一些朝鲜人，倭人数量相对要少得多，只有一万多人。
但是，九州之战，投降的倭军就有三万人之多；四国之战，投降的倭军也有八千多人，合计起来差不多有四万人。
对于这些人，盛庸很是头疼，不可能全部杀掉，但全放掉也不合适，所以就全交给了监察使杨荣，而瞿陶则被瞿能派过来，担任俘虏营的管理工作，同时作为杨荣的副手。
瞿陶对接受这个任务很不乐意，去找父亲瞿能，却被父亲教训了一番，只得怏怏不乐的接受了任务。
而杨荣对这个差事则非常高兴，因为他很早就考虑过这种情况，想好了多种对策，正好试一下是否可行！
首先，杨荣将他们按照地域分成十三部分，召开诉苦大会，号召普通百姓对武士、贵族的暴行进行控诉，杨荣打算通过这种方式，瓦解倭国固有的阶级体系。
这个过程是相对缓慢的，普通百姓最初是比较胆怯的，他们不相信明军真的能主持公道，而且也担心贵族报复，所以杨荣很快的引入了密告制度，会写字的可以写匿名信，不会写字的可以私下里找明军申诉，这下子如同打开了潘多拉盒子，俘虏营中告密横行，贵族、武士人人自危，不断的有人被拉出去砍头，其中冤死的也不在少数，因为掌握生杀大权的明军倾向性比较强，只要平民能够找到人证、说的合理，基本上贵族、武士