朱由检终于来到南京城了，也就是说大明朝的朝廷又可以重新恢复了。
朱由检随后任命范景文、蒋德璟两人继续担任大学士，总领一切政务，同时拜授史可法为吏部尚书，负责大明治下官吏的考核。
史可法本来是南京兵部尚书，但是史可法本性倔强，没有兵法莫略，更适合吏部这个位置，至于兵部尚书，则继续有张缙彦担任。
户部尚书倪元潞则是从京城一路跟着朱由检来到南京，则继续担任户部尚书。
工部尚书自然就是落到了宋应星身上，此时宋应星在淮安炼钢，暂且无法赴任，工部政务就交给两个侍郎来处理。
刑部尚书为凌义渠，礼部尚书为吴麟征，兵书尚书为金铉，御史台御史由李邦华担任。
短短的三天，朱由检就完成了在南京新朝廷的建立，并且直接将民政权全副交给两位大学士处理。
而且朱由检直接废弃了宦官在朝政中的权利，一切政务全部交给六部和大学士直接处理，宦官只负责内侍。
借助来到南京的机会，朱由检直接将南京皇城里面的宦官从之前的一千人，裁撤到了三百人，这些人全部交给王承恩管理，他们只负责皇帝的日常的生活。
宦官在内廷的一切职务都是围绕皇帝的日常生活来进行的，至于之前衔接朝堂和皇帝之前的部分，之前都是宦官负责。
现在朱由检乘机了一个类似于后世的秘书处的机构，也直接命名为秘书处，设置官员直接衔接朝堂和朱由检之间的政务。
至于东厂等机构，朱由检也直接废除了，王承恩这个东厂的厂公也没有了，侦查谋逆之事，全部交给锦衣卫负责，由锦衣卫指挥使巩永固统领三千锦衣卫，只对朱由检负责。
朱由检也废除了锦衣卫的典狱之权，也就是说以后锦衣卫发现官员有谋逆的事情，不得直接抓捕审问，必须要将证据交给刑部，然后刑部来抓捕审问。
虽然锦衣卫的权利被限制了很多，但是这不是打压锦衣卫，朱由检反倒是承诺未来三年会将锦衣卫扩编到五千人。
因为朱由检将情报的侦查也全部交给了锦衣卫，之前锦衣卫密探在京城的活动，让朱由检非常欣赏，所以朱由检要将锦衣卫打造成一个专业的情报收集机构。
一番整改下来，最失望的当属内侍王承恩了，本来认为到了南京他就可以成为炙手可热之人，但是那里想到身边只有三百宦官，平日的事情就是维持皇城的正常运转，和朝堂一点关系都没有。
但是这是朱由检改革的重要一部，绝对不能继续重蹈覆辙，宦官干政几乎消耗了大明大部分的国力。
所以朱由检借着朝廷重立的机会，一切机构全部从简，也将宦官的权利直接废除了。
而且也不再设置监军一职，事实已经证明了，这些到了军中的监军太监，大部分都是中饱私囊，勒索卡要，干预将领指挥作战。
在政务安排完毕之后，朱由检就开始了最重要的军事，首先他带着兵部尚书张缙彦在南京城视察了一圈。
然后朱由检选定了十处地方，令张缙彦开始修建军营，将里面的百姓全部迁移走，但是要足额赔偿百姓损失，并且安置其它地方耕种。
南京的守军有八千人，还有驻守镇江由刘良佐统领的一万步卒，一万水师，然后就是各州府的驻守军队，从几百到数千不等。
朱由检选定的这十处地方，也就是朱由检练兵的地方，其中水营两座，加上原来南京城外的一座水营，一共有三座水营。
陆地营地八座，其中两个是给骑兵的营地，五个给步卒训练，还有一个是朱由检亲手规划的火枪兵营地，这里也是朱由检训练全新火枪兵的地方。
朱由检令张缙彦在三个月内必须要完成营地的修建，同时令兵部开始募兵，也就是招募职业军人，朱由检要在南京组建一支军队，用来稳定南方的局面。
眼下明朝可以控制的地方已经减少了很多，在北方有山东、淮安、徐州、凤阳，还有河南的汝宁府，这是明朝在河南最后的一个据点，由总兵高杰驻守。
江北还有扬州这个重镇，也在明朝的掌控之中。
至于江南，则是以南京为中心，南面是镇江和杭州、苏州、宁国、绍兴等地，这些地方也是江南最富庶的地方。
南京西南有武昌和南昌两座重镇，但是武昌守将左良玉已经有贰心，南面的福建在郑芝龙的控制之中。
郑芝龙是海寇出身，根本就不听明廷调遣，至于两广之地，虽然在明廷的管辖治下，但是兵力有限，而且被福建的郑芝龙，还有荆湖一带的刘宗铭阻隔，明朝也有些鞭长莫及。
局面很不乐观，朱由检要尽快稳定江南的局面，在朱由检判断，下一个开战的地方，北面就是山东，因为朱由检已经得到消息，豪格将会领兵南下攻打山东。
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