肯星的求救信号，报告其大气层中出现雷暴现象，学员们被紧急指派到了轨道上的星舰。
作为柯克的主治医生，麦科伊把柯克伪装成他照料的病人，偷带上了联邦星舰进取号。
柯克从瓦肯星发出的求救信号中发现了与开尔文号毁灭时的相似之处，并向派克舰长提出警告说，舰队正被诱入圈套当中。
随即，迟到的进取号发现整个舰队都被毁灭了，而纳拉达号正在向瓦肯星的地核钻孔。尼禄要求派克独自乘坐穿梭机向他投降。
派克服从了他的要求，并将斯波克提升为舰长，把柯克提升为大副。
在前往纳拉达号的途中，柯克、苏鲁田光与轮机长奥尔森（oln）在轨道上进行了跳伞，以降落在钻探平台上并摧毁之；奥尔森不幸遇难，但柯克与苏鲁成功停住了钻探机。
然而，钻探机已经钻到了尼禄所需要的深度，他随即向行星的核心抛入红物质，将整颗星球化为一处黑洞。
斯波克救出了行星上的部分长老，其中包括他的父亲（sarek），但其母亲阿曼达·格雷森（aandagrayn）却与行星上的绝大多数人民一同遇难。
尼禄随即航向地球，并向派克逼供出了地球防御系统的指挥码。
在柯克与斯波克为下一步行动激烈争吵后，柯克因其叛变行为而被放逐到了织女四星上。
斯波克下令星舰航向集合点，与舰队中剩余的星舰会合。
在织女四星上，柯克遇到了斯波克大使，他用心灵融合术将未来发生的事告诉了柯克，并坚持要柯克当上进取号的舰长。
在经过一番跋涉后，两人到达了星际舰队的哨站，并在那里遇到了蒙哥马利·斯科特。
斯波克将柯克与斯科特传送到了进取号上。
在舰上，柯克故意激怒斯波克，逼迫他意识到自己的情绪影响到了他的判断力，从而将指挥权转交给了柯克。
斯波克、斯科特与帕维尔·切科夫想出了一个计划，打算在土星的卫星泰坦星背后退出曲速，从而伏击纳拉达号。
随后，柯克与斯波克被传送上了纳拉达号。
当柯克救出派克时，斯波克取回了老斯波克的飞船，毁掉了钻探器并将纳拉达号诱离了地球；然后，斯波克驾驶飞船全力撞向纳拉达号。
进取号及时赶到，在撞击前一刻救出了柯克、派克与斯波克。
撞击后，被点燃的红物质在纳拉达号的甲板上层制造出了一个黑洞。
柯克向尼禄提出了可以援救他们的建议，但罗慕伦人拒绝了他的提议。
随即，纳拉达号毁灭了。但进取号没有遭此命运；船员们射出并引爆了所有的曲速反应核，爆炸产生的冲击波将星舰推离了黑洞。
柯克被提升为进取号的舰长，接替了新任将军派克的职位。
在寻找父亲时，斯波克在机棚遇见了年老的自己；斯波克大使正打算出发去协助剩余的瓦肯人建立新的居住地。
年轻的斯波克告诉年老的自己说，他打算离开星际舰队，去协助瓦肯人重建家园。
然而，斯波克大使却告诉年轻的自己说，柯克需要他们每一人的协助，告诉他应该按照自己的感觉行事。
接受了其建议的斯波克留在了星际舰队，并成为了柯克手下的大副……
之所以选择第十一部，主要是因为第十一部都剧情发生在154年前，根据对穿越之门的分析，穿越进星际迷航世界的认很可能会出现在主要剧情发生的154年前。
所以帝国参谋总部才会选择这一部。
而帝国之所以这么急的原因，其实就隐含在信息中心发给赵辰的情报上。
一般都宇宙崩碎当然不会让星辰帝国驻源位面的属下们关心，可是这一次，他们发现的崩碎现象是连续发生的。
经过他们的观察，在银河系外，出现一个超大星系的崩碎，这个星系估计有五分之四个银河系大小。
这么猛烈的毁灭现象，不得不让这些星辰帝国的属下着急。
就算在源位面毁灭后，星辰未免可以吸收源位面的物质力量。
可是吸收的只会是源位面所有物质能量的部分，其他部分将会湮灭。
与其让这些能量浪费，不如帝国在毁灭前这段时间，大肆开发，将其中的部分能源拿来作为帝国发展的养料。
这就需要帝国具有星际远航能力和超远程大规模运输能力。
显然，星际迷航位面有着这两种星辰帝国现在急需的技术。
不过面对这样大型的高等位面，帝国高层如果想要去探索开发都话，必须得到帝国大帝赵辰的允许。
所以在第一封消息传来之后，第二封的信息就传来了。
帝国参谋部希望赵辰同意这一次远征行动。
赵辰会同意这次行动吗？
当然……不会！
他直接在心中大骂那些人是傻x，就以星辰帝国拥有的实力，想要将星际迷航位面当做殖民地。
那简直就是找死！
赵辰驳回了他们的请求，不过他同意，可以让皇家位面探索公司来牵头，对星际迷航位面进行小规模的渗透。
他们前往星际迷航位面需要寻找能够帮助星辰帝国发展资源开拓的技术，而不是给星辰帝国寻找下一个大型战场。
赵辰花费了半个小时，写了一个开拓星际迷航位面的小型计划。
这个计划只有一部分的主题纲要，具体的行动计划需要帝国参谋总部都参谋们补充。
这个计划都主旨就是“和平开拓”，帝国不需要第二个大型战场。
那些开拓组的成员只能根当地土著发生小规模冲突，而且初步的开拓计划主要目的是获得星际迷航位面的超远程星际远航技术和大规模远程运输技术。
特别是星际迷航位面的曲速移动装置，这是帝国现在非常渴求的一种超光速远航技术。
就这样，在赵辰的旨意下，帝国参谋总部再次开启了关于开拓星际迷航位面的会议。
这次会议对于帝国来说，意义重大，因为这一次会议，将会使得帝国的科技侧力量开始了长久的大幅度提升。
也是星辰帝国日后横行高等科幻位面的一次转折点……