隆武元年七月初三，在京师盘踞了一年零七个月的满清朝廷正式撤离。如同当日里的李自成一样，他们也是作为战败的一方不得不撤出了这天下的中枢所在。经过一整夜的召集，八旗的各旗旗丁、亲贵凑集了近六万人，加上各地溃败而来以及多铎麾下的两白旗精兵，总数在在十万人上下，就在七月初三的夜半时分，安然从西便门离开北京。
随同他们一同上路的，还有大行皇帝顺治以及太后大玉儿，包括代善等在变乱中被杀的重臣的棺椁。也是这一天，满清有了自己的新皇帝，也就是襄郡王博果儿，年号等都未确定，便匆匆被众人推上了皇帝的宝座。
一刹那间，这皇帝的位置对于任何人都失去了原有的吸引力，多尔衮已经不再眷恋那个曾经让他为之疯狂的宝座，他只是躲藏在装载有大玉儿遗体的马车上，独自舔si着自己的伤口。国不可一日无君，在他的授意下，博果儿成了最终的人选。
帝党、后党、摄政王一党，都成了昨日黄花，如今的八旗为了生存，已经不得不再次团结起来，现在他们也只有多尔衮一个选择了。中原、江南、辽东都没有八旗的立足之地，也许只有那遥远的极北之地才是他们最安全的港湾，但有一个前提，那必须是他们能活着到达那里。
八旗各部无心恋战，京师北直隶、河北之地相继被明军收复，就在多尔衮离开京师之后的第五天，也就是七月初九这一天，朱平安的北征大军开入京师，先锋武定国的新军第三卫首先入城，接管城防。
历经两载，京师终于重回大明的怀抱，但自进城之后看到的情景和感受，却与朱平安想象中的大相径庭。原本设想的百姓们箪食壶浆，夹道相迎的情景并没有出现。大街小巷。家家关门闭户，避之不及，朱平安和他麾下的大军竟然在这种极度冷遇的情况下进入到京师城中。
不仅是朱平安，就连朱平安麾下的将领和士卒都是诧异万分。部队中也难免出现了一些不解和抱怨的声音。京师被流贼和满清鞑虏窃居这么长的时间。各地百姓盼望王师北定中原无不是急盼甘霖普降的迫切，怎么到了北直隶京师地界竟然遇到了这种情势。
但仔细想来，这也是人之常情。两年之内，京师“城头变幻大王旗”，京师的士农工商百姓先是被流贼的追赃助饷折腾的不轻。接着便是清军入关，窃居神器，八旗贵族在京师跑马圈地，尤其是剃发令的推行，更是让百姓们叫苦不迭。现在明军再度占据京师，百姓们心中难免保留着猜疑的想法，升斗小民，每日里只是关心自家的兴衰荣辱，哪个能清楚国家大事，谁又能知道明军能在京师中呆多长时间呢？其实说实话。百姓们关心的并不是谁来做这个江山，只要是能国泰民安，其实坐在九五至尊宝座上是谁，对于他们来说，倒的确是无所谓的事情。
大军就在冷冷清清的氛围中缓缓进入京师，朱平安的军令也在同一时间下达到各部。所有入京的兵马，全部入驻原京营部队的军营，没有军令不得擅自外出。皇城全部封闭，由跟随朱平安一同进京的山东巡抚赵光抃带领王金发右千户兵马负责守卫。由于之前的连场混战和变乱，皇城之内的一些宫殿。包括太庙都需要修葺和重建，这些也一并交给了赵光抃，从山东自由贸易区管理委员会直接拨付银子即刻开始重修工程，以便在最短时间内。迎奉隆武皇帝朱聿键入主京师。
历经流贼和清军两场打乱之后，朝廷元气大伤，文武重臣十不存一，原有的朝局被彻底打乱，包括各地的藩王也是元气大伤，神宗皇帝的嫡系子孙除了远在广西的朱由榔已经再无旁人。其余的旁系藩王也是伤亡了十之七八。但这种情况也让朱平安处理政务时减去了一个巨大的负担，从洪武皇帝、永乐皇帝一脉相传的藩王制度始终是压在大明头上的一块巨石，现在，这快巨石被消耗一空，也正是朱平安从新着手制定实施新的方略的最佳时机。
至于党争，在朱平安看来，却不是什么最重要的问题。无论任何朝代、任何时期，党争都是无法绝对避免的，即便是后世标榜民主自由的超级大国内部，其中也是存在的，只不过是换了一个名字一个形式而已。所以，朱平安认为，党争并不可怕，关键是党争不能脱离当权者