有济世之才和无法报效于国济民生，只能在朝廷内部的无谓纷争中消磨人生和时光。对于废长子常洛立三子常洵的念头他和众多大臣极力反对，这让神宗皇帝心里很是不满，逐渐产生了对抗情绪，一个要立一个反对双方僵持不下。
争论的结果，神宗皇帝最后屈服了。但从此对政治就懈怠。以至于坚卧不出达三十七年之久。在常洛被立太子之后，神宗皇帝就一直不喜欢他。至东宫停止讲学好多年，眼看着太子年龄长大却不让他进学。今后做了皇帝如何治理天下呢？这无疑成了包括叶向高在内的众多大臣们深为忧虑的事。另一件事是福王就国。常洵没有立为太子，神宗皇帝心里极不痛快，在他和郑贵妃的纵容乃至支持下，滞留京师迟迟水不肯前往封国洛阳。
身为首辅大臣的叶向高对此事选择良辰上疏神宗皇帝，请求恢复太子的进讲一事，但毫无结果。神宗对此不予理睬，叶向高是位有决心也有耐心的人、增补阁臣一事他一直争取五年终于告成。
对于太子进讲这一关系国家之兴衰大事，他更不会妥协。于是从这一年起，每逢春秋两季，叶向高必定上书神宗恳请予以答复，但态度倔强的神宗就是不松口。太子常洛的母亲王贵妃死了，神宗对此事既不闻不问，又不下令发丧，一直拖了四天。叶向高忍不住了，进言神宗据理力争，神宗才下令发丧。而礼官呈上王贵妃丧礼的礼仪，拖延了五天还不举行，忍无可忍的叶向高再次与神宗直言抗争，才将此事草草了结。
叶向高将自已拟定的请福王就国洛阳的诏旨交给神宗，但皇帝却将诏书留而不发，并下令改为福王第二年春天再去洛阳。叶向高记着神宗的话，他要和神宗兑现。到第二年福王去封国洛阳的时候，叶向高申请先准备护卫，车船，马车。但不讲信用的神宗又后悔了，这位皇帝的办法就是能赖就赖能拖就拖。而叶向高的对策就是坚持不懈，这次他又率领大臣到了乾清宫。神宗望着叶向高笑了笑道：
“这次朕答应福王去就国洛阳，不过呢？有一个小小要求，只要大家认可了，朕也就无话可讲了。”叶向高道：“请陛下明示吧，是否合乎情理？”神宗道：“常洵身为福王，那就该拥有庄田四万顷，各位爱卿有什么想法和意见没有啊？没有朕就照准颁诏了？”这四万顷可不个小数目。众大臣面面相觑都望着神宗皇帝，叶向高道：
“庄田要四万顷一定无法满足。去封国之事尚且没有时日，明明白白写在诏书上却又失信于天下。况且福王在疏中引用祖宗的旧制度，而祖宗的制度并无此等事情，以往只有世宗时景王有过要求大量庄田的事例。但景王久久不去封国，您的皇父在裕王府时为此疑惧不安。这种事情怎么能仿效呢？”
他想以神宗父亲事例劝说神宗早早让福王去洛阳，以免造成朝廷内部的猜忌和不稳。但神宗皇帝不理他这一套，对叶向高笑了笑说道：
“庄田万顷自有成例，而且现在太子已定何必猜疑？”从语中可以听出神宗皇帝心里有些生气。叶向高谢罪但又乖机向神宗劝谏，说：
“陛下的皇父当时名位虽然末定，然而讲读并没有停止，和皇上情意相通。而今皇太子停止讲读已经八年，而且好久没有在皇上身边侍候，而福王却一天能见皇上两次，不能不叫人怀疑。只有相守明年春天福王去封国洛阳的时期，而不以庄田为借口，天下人的猜疑才会自然消失。”神宗摆了一下手：
“哪有这样的事呀？福王一日见朕两次的事是没有的，不用说了，朕已经太累了，有事改日在议吧。”叶向高只好作罢带着众人离开乾清宫。
但没过多久，神宗就得到一个让他十分震怒的事情。当时有个锦衣卫百户王日乾是京师ji邪之徒，也不知奉了谁的旨意跑到皇城放炮上疏，听到炮响，众禁卫军把他拉进了乾清宫杖责五十棍后送到了皇上面前。看到王日乾，神宗先是一愣：
“你有什么奏章呈上来。”一个太监从王日乾怀里搜出一个奏本，神宗接过一看顿时大怒，上面竟然是揭发郑贵妃内侍姜严山，孔学等人与妖人王之诏使用厌胜术诅咒皇太后，皇太子死，以便拥立福王为太子。