带领16女7男返回真实世界，再开始重建锡安，等待下一代的救世主。而尼奥与前任们不同的是，建筑师在他的意识中编写了关于爱的编码，这本来是系统处于不断升级的需要，也是考察人类反应的新实验。但这个关于爱的编码，不但导致了尼奥在第二集中做出违背程序设置的选择，而且在第三集中将“爱情”升华为对世人的怜悯也就是博爱，从而最后终结了战争，终止了矩阵和锡安之间的循环。
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做好了初期准备的申若愚自己也没闲着，他一边利用自己的精神力分析着这个世界的规则以及后面的第二层虚拟世界，一边十分高调的在人类社会中扩大着自己的影响力，甚至出钱在许多国家都买了贵族或者皇室的头衔，虽然没什么意义，但是想来就算是虚拟世界，母体或者说矩阵如果不想造成社会崩溃的话，没有充足的理由证据也无法轻易地对他动手吧？
毕竟虚拟世界也是有其规则存在的，就如同现实世界一般。如果只是一个屁民抓了也就抓了，甚至杀了也没什么，但是如果是一个有权有势的人，你无缘无故的去动人家试试？！不搞得你回家种田都算是人家没本事。而且就算是你强制将那有权有势的人抓了，如果没有理由和证据的话一定会引起所有有权有势的恐慌的，因为今天你可以你可以没有理由的去抓别人，那么有一天是不是你也会没有理由的就来抓我呢？所以那些有钱有势的人一定会想法设法的去阻挠和抗议这种做法的，就算是那些病毒特工可以瞬间替代所有的虚拟人物，但是想来不会所有的有钱人都是虚拟的吧？这些人任何一个被杀或者失踪一定会引起很大的社会动荡的，再加上如果申若愚有意的煽动之下，社会直接崩溃或者发生什么世界大战也不是不可能~！
因此虽然是虚拟世界，声望和势力以及金钱也是有着一定作用的~！
不提申若愚在虚拟世界中搞风搞雨，在哪里刷声望和人脉。尼奥此时也在剧情的推动之下经过了一番磨难之后也获得了“新生”。回到了真正的现实中，逃离了矩阵，而与剧情不同的则是多了一个珍妮，在经过了一番适应和解释之后，在莫菲斯训练下。尼奥渐渐展露出与其他觉醒者的不同之处，让莫菲斯也更加肯定他就是救世主，而珍妮的表现也相当出色，对于各种技能和文件的下载能力也十分强悍，同时她对于新食物的接受能力十分出色，因此很快成为了继墨菲斯，翠蒂妮。还有尼奥之外的新的核心人物。
在顺利的执行了几次任务之后，尼奥和珍妮得到了充分的训练，他们穿着炫酷的皮质风衣走在人来人往的街头和各种阴暗的小巷和房间，看着周围的人群仿佛是在看一群群只知道按照程序运行的傀儡，在了解了母体的存在意义之后，他们那看似依然单薄的身体也能够发挥出母体所限定的体力上限。这更让他们拥有了和警察以及电脑特工相对抗的资本，可惜的是那些只是程序却没有固定载体的特工几乎是不死的存在，他们即使被消灭了也依然可以随时占据别人的身体复活，这一凭仗就能让它们始终立于不败之地。
几次险死还生之后，珍妮和尼奥都逐渐成熟起来。这让墨菲斯和翠蒂妮都感到十分的欣慰，这期间珍妮和尼奥等人也来找过申若愚，甚至尼奥在觉醒之后还提出过和申若愚较量一番的要求，当然不用说其结果大家也能想到，申若愚只用了一只手就差点将尼奥虐出翔来，这一结果叫墨菲斯大为吃惊，原本以为申若愚只是一个比较特别的程序或者对母体感应比较明确的人类而已，却没有想到申若愚对于格斗还有自身力量的使用以及开发竟然是这么强大，看着申若愚一只手眼睛也不睁的就将尼奥多次打倒在地之后，墨菲斯第一次对尼奥救世主的身份产生了怀疑，他甚至觉得申若愚才是真正的救世主！
有些不服气的尼奥和墨菲斯等人在申若愚的庄园内一直修炼了一个星期的时间，这期间尼奥等人在申若愚的教导之下对于搏击和近身格斗有了很大进步，而那个叛徒也曾趁机找了个借口去给史密斯等杀毒程序也就是母体的特工通风报信了一番，但是在申若愚所找的雇佣军以及他那显赫的身份之下，其结果却是连门都没有进去，这让墨菲斯大叹早知道身份这么有用他也去混一个贵族当当。
而在软的不行之后，史密斯以及他的几个同伴在夜晚的时候，却也正大光明的突袭了申若愚的庄园，在解决了所有雇佣兵并将这附近的所有电话线全部掐断之后，史密斯边大摇大摆的走进了庄园内的别墅之中。
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