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清军入关后，顺治时期便开始大肆开凿中运河，到了现在也彻底结束了借黄河行运的时代，并建成黄、淮、运交汇枢纽，缓和河面比降，减轻浊流灌运，改善了漕运条件。总督漕运部院衙门漕运方法基本承明制，但又多了几个名目：正兑米，运京仓粮，定额三百三十万石；改兑米，运通州仓粮，定额七十万石；改征，将漕粮改征为其他品种；折征，将漕粮折算成银，价银统归地丁项内，上报户部。
除此之外，清廷又实行截漕（也就是各地漕粮起运后，地方遇灾，截留部分作为赈济，或截一地漕粮运往另一地）和拨运（主要指截留山东、河南所运蓟州漕粮，拨充陵寝及驻防兵米）等措施。漕船数与编制和明代稍稍有一点不同，一般以府、州为单位，十人一船，十船一帮，十船互保。总数由一万零四百五十五只升为一万四千五百只，而实际运于漕运的仅七千只左右。每船装运量不得超过五百石，另外还可以装当地的土产往返于各口岸行销。
也就在康熙登基之后，清廷最终开始实行官收官运制度，承运者是卫所军籍中较殷实的军丁（运丁）。发运时每船配运军一名，运副一名，雇募水手九至十名。各省运军水手多少不等，总数在十万名左右。漕运最高长官为漕运总督，驻守淮安。其下为各省粮道，共七人。掌本省粮储，辖所属军卫，遴选领运随帮官员，责成各府会齐、佥选运军等；坐守水次，监督、验明漕粮兑换。面交押运官，并随船督行到淮安，呈报总督盘验。
押运，原为粮道之责，后选管粮通判一人，专门负责督押。约束运军，后因官卑职微，仍由粮道押运。领运官，由千总一人或二人领运，武举人一名随帮效力。为确保漕运无误。于淮安、济宁、天津、通州运河沿线设置巡漕御史，稽察本段漕运。此外，淮安淮北沿河置有镇道将领，以催促入境漕船前行；在镇江与瓜州的南漕枢纽处，由镇江道催促，同时由总兵官（后改为副将）巡视河岸，协同督促漕船过江。
只是现在，漕运源头被马尾军掌控。那么京城每年所需的三百万石粮食便没有了着落。有道是粮饷粮饷，粮在饷之前，没有粮食。就算给再多的银钱那也算没用的，毕竟银子也不能当饭吃不是。
“又是前线作战不利，朕就不信我大清兵马几近是吴三桂的一倍，居然不能将其打败！当年前明的兵马是我八旗军的七八倍有余，不照样被我大清打的狼奔豸突，现在这是怎么了？难道真的要朕成为第二个崇祯？”康熙刚看了桌上的两本奏折。本就不好的心情变得更坏，一水的坏消息。心情能好起来就怪了。
“臣等该死！”索额图与明珠等听到这话立即跪了下去，当年的崇祯他们可是清楚的很。那崇祯皇帝不少不勤政，明亡了，虽然也有皇帝的责任，但是更多的还是大臣无用。就像是崇祯自己说的，“君非亡国之君,臣皆亡国之臣！”现在康熙说出这句话，那不是指他们都是亡国之臣吗，一个个心里虽然很不舒服，但是这个时候第一反应还是跪下请罪啊。
“陛下，保重龙体要紧啊！”明珠率先开口道。“战局一时不利，并不是将士们不用心。这战争打的不仅仅是兵马，更多的还是钱粮！臣想，那吴三桂现在多半也已经是快要坚持不下去了，要不了多久安亲王便能一举突破岳阳，杀败吴三桂。但是当前要紧的是要将金陵给收回来，耿逆已然壮大，不能再忽视，臣觉得，凭安亲王派去的五万大军加上周培公的三万兵马还不够，还请皇上下旨调集河南、山东的剩余兵马前去增援，务必一举功成。”
“现下派去的兵马还少吗？加上原先在安徽的兵马总数就超过了十万。十万人若是连耿逆的两三万步卒也打不过，我大清还能有什么指望？”康熙愤怒的吼道。
“皇上说的是，只是臣听到消息，说是金陵城根本就不少马尾军的陆军打下来的，而是马尾海军下来了万余兵马只一天就攻破了城门，因此，将马尾海军也算上的话，可就不止三两万人马了。那可是五万余大军。更何况长江天堑，江面上朝廷的水师却是还无法与耿逆的马尾海军抗衡，因此，大军的数量必须还要增加以求稳妥，还请皇上三思。”明珠依旧坚持自己的看法，他们作为清廷的重臣，与清廷乃是一荣俱荣一损俱损，清廷亡了他们也要完蛋，因此这时候可不是有所保留的时候。
康熙也冷静了一些，明珠的话也不无道理。马尾海军的确是相当的强悍，江宁水师都被完全消灭，那么鄱阳湖水师就更不会是马尾军的对手，若是将鄱阳湖水师开赴长江下游与马尾海军大战，那么最终也只能是覆没一途。“爱卿所言有理，那就按你说的办。不过，马尾军强在水师，我们的确不能与之硬拼，让岳乐安排船只，载大军过江，然后就直扑金陵城，给朕消灭耿逆叛军！”
“臣遵旨。”明珠立即回应道。
“启禀皇上，臣也有一策。”明珠说完，索额图便立即跟上，这段时间以来，两人再也没有了党争，而是通力合作的居多，毕竟现在清廷情况不乐观，而他们可是一根绳上的蚂蚱，谁也跑不掉。“国内现下不能大规模扩军，但是在北边的朝鲜确实可以征召不少的部队，朝鲜国虽然国小，但是五六万兵马还是可以有的，皇上下一道圣旨，让朝鲜国王派遣一部分兵马前去协助我大军平叛，当可增大我军胜算。”
自打五十年前努尔哈赤的侄子阿敏带领三万女真部队入侵朝鲜。最后双方最后议和订立“兄弟国的盟约”。朝鲜停止使用明朝天启年号并遣王子李觉赴后金为人质，后金、朝鲜互不侵犯对方的领土。自那之后，后金和朝鲜的兄弟关系并不和睦。后金军一退，朝鲜马上向明朝“疏奏被兵情节”。由于受到儒家思想的影响下，朝鲜大臣认为明朝助朝鲜击退倭寇。朝鲜理当与明朝交好抗击后金。因此朝鲜拒绝废除年号，并依旧保持关系。这最终导致时隔九年后皇太极再次攻打朝鲜，迫使朝鲜完全成为了清廷的藩属国。
这样一来，清廷对朝鲜虽然不说是予取予求，但是也没有好到哪里去。满人对待汉人都当作是奴仆，对待朝鲜人也是一样。因此此刻索额图才会有此一说。在他看来，他们向朝鲜伸手，那真是再正常不过了。
而实际上朝鲜对清廷并不是那么恭敬。朝鲜仁祖之后的朝鲜孝宗，还曾试图联合中国南方反清势力讨伐清朝，但没有结果。后来朝鲜便开始闭关锁国。与外界仅进行少量交往，而出于对前宗主国明朝的缅怀，朝鲜将明代最后一任皇帝“崇祯”的年号延续到了现在。后世历史上朝鲜国更是将这个年号延续了两百六十五年直到一三年朝鲜国覆灭。
“这也倒是可以，朕准了，另外，再要求朝鲜送来贡银三百万两，当然，若是能送来更多则最好。多的算是朕向他暂借的，待到朕平定了叛乱，日后会加倍还给他！”康熙皱着眉