子爱猷识理达腊回到京城，多次请求元顺帝妥欢帖睦尔南下督师，剿灭江淮一带的吴、周等地方政权，元惠宗妥欢帖睦尔不信任他，因而在两个月后改由扩廓帖木儿代皇太子南征，封其为河南王，统领天下兵马。但扩廓帖木儿却在彰德按兵不动，所以惠宗怀疑扩廓帖木儿有异志，并迁怒于奇皇后与爱猷识理达腊，他愤愤不平地对皇太子爱猷识理达腊说：“向者孛罗举兵犯阙，今日扩廓总兵。天下不太平，尔u子误我天下！今天下土疆分裂，坐受危困，皆汝u子所为也！”爱猷识理达腊好像被当面揭短，好像挨了打。顿时羞愧难当，无地自容。然而胳膊肘终究是向里拐的，在各路军阀混战、不听调遣的情况下，爱猷识理达腊接受伯元臣、李国凤等人的建议而向惠宗妥欢帖睦尔主动请缨，惠宗妥欢帖睦尔也于至正二十七年，即1367年。八月命爱猷识理达腊总天下兵马，设大抚军院，坐镇指挥，与敌军展开激战。爱猷识理达腊领兵后，又调诸军攻打扩廓帖木儿。
在元朝内乱之际。在元末农民起义中崛起的朱元璋自称皇帝，改国号为大明，出兵北伐元朝。眼看江山丢失在即，惠宗又归罪于爱猷识理达腊，杀了当初提出太子统兵建议的伯元臣、李国凤等人，于至正二十八年，即1368年，洪武元年闰七月撤销大抚军院。恢复了扩廓帖木儿河南王、太傅、中书左丞相等官爵，令其出兵勤王，不过为时已晚。至正二十八年闰七月二十八日。明军逼近大都，惠宗与奇皇后、爱猷识理达腊等人及百官从大都健德门仓皇逃往上都，元朝在中原的统治结束，北元开始。
大敌当前，面临危局，元惠宗妥欢帖睦尔与太子爱猷识理达腊重归于好。一致对外。在逃往上都的路上，奇皇后再次要求爱猷识理达腊派兵高丽兴师问罪。为她的家族报仇，但爱猷识理达腊没有听从她的提议。十一月二十四日。爱猷识理达腊领兵屯于红罗山，伺机收复大都。至正二十九年三月二日，爱猷识理达腊请率精骑直搏大都，惠宗妥欢帖睦尔没有许可。至正二十九年六月十三日，明军逼近上都，惠宗与爱猷识理达腊等人连夜出奔应昌（今内蒙古克什克腾旗），四天后，上都失守。至正三十年正月初二，惠宗病重，诏皇太子总军国事务。
至正三十年四月二十八日，元惠宗驾崩，皇太子爱猷识理答腊在应昌继承了皇位，是为元昭宗。五月十六日，明将李文忠奇袭应昌，元宫后妃以及昭宗的儿子买的里八剌被明军俘虏，只有昭宗率十余骑突围，出奔和林（今蒙古国哈尔和林）。
元昭宗爱猷识理达腊向奔逃后，痛定思痛，力图恢复中原，中兴元朝。他改年号为“宣光”，取杜甫《北征》诗中“周汉获再兴，宣光果明哲”之意，希望成为周宣王、汉光武帝那样中兴国家的君主。昭宗“延揽四方忠义，以为恢复之计”，特别是不计前嫌，重用在定西沈儿峪新败的扩廓帖木儿，拜他为都总兵、河南王、中书右丞相，并起用哈剌章、蛮子等人，大有振作军威之势。
当时北元的领土除了漠北以外，还保有河西走廊、辽东、云南等地，势力还是相当强大的，于是明太祖朱元璋在宣光二年正月派徐达、李文忠、冯胜三道出师，讨伐北元，欲“永清沙漠”。扩廓帖木儿先是佯败，诱敌深入，大破明军，中路徐达部阵亡万余人，东路李文忠部在漠北虽未像徐达那样完败，但也损失惨重，撤兵而还，只有西路冯胜、傅友德部连战连捷，大获全胜，占领北元的甘肃全境。这次战争挫败了明军进攻的锐气，保住了元王朝的一线命脉，是元昭宗爱猷识理达腊领导下的一个重大成就。
此后数年时间，明朝对北元改为守势，元昭宗整合云南、辽东各方势力，以求进军中原，高丽的新王辛禑也弃明投元，并派谢恩使李子松入漠北朝贺，上表称颂昭宗“敷虞文德，两阶之舞雍容；复汉官仪，十行之诏密勿”。昭宗君臣看见穿着朝服行礼的高丽使臣后老泪纵横，说：“自我播迁，困于行间，不图今日复见礼仪！”
当时，元昭宗过着“流离无宁、衣食艰辛”的日子，他徙帐金山（今阿尔泰山）之北，继续筹划反攻中原事宜，但仍然不能越雷池一步。扩廓帖木儿、纳哈出多次骚扰明朝，均被击退。北元与明之间也不总是冲突，明太祖曾在宣光四年，明朝与北元南北对峙，当时的高丽诗人李穑的诗句“宣光洪武二龙飞，外国孤臣双泪挥”，就反映了这种局面。
宣光五年，即1375年，洪武八年，八月，元昭宗的股肱之臣——扩廓帖木儿死于金山之哈剌那海衙庭，匡复大元的希望愈发渺茫。此后昭宗任用阔阔帖木儿为中书省太师。宣光八年四月，爱猷识理达腊去世，庙号昭宗，汗号必里克图汗，蒙古语意为“聪明”的意思。元昭宗爱猷识理达腊死后由其弟益王脱古思帖木儿继位，年号为“天元”，又称天元帝。十年后，明军大破北元于捕鱼儿海，北元彻底崩溃。元朝蒙古帝国势力最后终结。