第五是开马禁、减盐额、蠲负逋，减轻对人民的控制和剥削。伯颜曾下令汉人南人不得有寸铁，禁百姓畜马，脱脱下令罢禁，元代财赋倚重盐赋，广大灶户苦不堪言，故脱脱减盐额，河间盐场自至正二年始免余盐三万引，两浙盐场自至正三年起免十万引，福建盐场自至正三年起免三万引。此外，还时而下令减免赋税、负逋，如至正三年十月南郊礼毕，大赦天下，蠲民租五分。
第六是朝廷政府体制改革。元末官贪吏污，吏治败坏。脱脱上台后对地方官提出了新的要求，创立六条标准，“先是以五事备取守令，至是取守令以常年仓得法，凑成六事”。又制定《守令黜陟之法》：“六事备者升一等，四事备者减一资，三事备者平迁，六事俱不备者降一等。”
第六是修撰三朝历史。脱脱在执政期间还主持修撰辽、金、宋三史。由于更化政策的推行，伯颜专权时辞归的儒臣这时纷纷应召入国史馆，脱脱受命为三史都总裁官，以中书平章政事、康里人铁木儿塔识，中书右丞太平，御史中丞张起岩，翰林学士欧阳玄，侍御史吕思诚，翰林侍讲学士揭傒斯为总裁官，经过挑选淘汰确定了一批修史官，他们之中除汉人外，还有畏兀儿、哈剌鲁、唐兀、钦察等族的史学家。
三朝史于至正三年，也就是1343年，四月开始修撰，至正四年三月完成《辽史》，脱脱命掾史仪礼鼓吹导从，自史馆进至宣文阁，甚为隆重。四年十一月《金史》成，五年十月《宋史》成。三朝历史总共只用了两年半时间，除因有前朝修史基础外，主要是因为脱脱这位都总裁官用人得当，措施有力。
第七是开河变钞。解决财政危机最快的办法是变更钞法。因为从至元后期以来。纸币发行猛增，不断贬值，以后历代大量印钞，到至正年间形成了巨大的压力，再加上伪钞横行，钞法已经败坏不堪。至正十年四月。左司都事武琪建议变钞，吏部尚书偰哲笃支持变钞，并提出了以纸币一贯文省权铜钱一千文为母，而钱为子的方案。
变钞的具体办法是：一是印造“至正交钞”，新钞一贯合铜钱一千文，或至元宝钞二贯，而至正交钞的价值比至元宝钞提高了一倍，两钞则并行通用。二是发行“至正通宝钱”，与历代旧币通行。使钱钞通行，并以钱来实钞法。
第八是治理黄河。早在至正八年二月时，元廷于济宁郓城立行都水监，命贾鲁为行都水监使，专治河患。贾鲁经过实地考察、测量地形、绘制地图，提出二策：“其一，议修筑北堤，以制横溃。则用工省；其二，议疏塞并举。挽河东行，使复故道，其功数倍”。但他的建议未被采纳。
九年，脱脱复相后，专门召开治河讨论会，贾鲁以都漕运使身份再次提出自己的治河主张。脱脱当机立断。取其后策。至正十一年四月初四日，妥欢贴睦尔正式批准治河，下诏中外，命贾鲁为工部尚书、总治河防使，发汴梁、大名13路民15万人。庐州，即今安徽合肥等地戍军18翼2万人供役。四月二十二日开工，七月完成疏凿工程，八月二十九日放水入故道，九月舟楫通行，并开始堵口工程，十一月十一日，木土工毕，诸埽堵堤建成。整个工程计190天。贾鲁按照他的疏塞并举、先疏后塞的方案，成功地完成了治河工程。
元朝黑暗，脱脱晚年流放云南。在一派至正中兴、天下太平的假相下，元朝以妥欢贴睦尔为首的统治集团进一步腐化堕落了，政治更加黑暗。
脱脱复相后，对哈麻兄弟深为感激，提升哈麻为中书右丞。但脱脱对左司郎中汝中柏十分倚重，引起哈麻不快，脱脱改哈麻为宣政院使，且位居第三，于是哈麻对脱脱怀恨在心。哈麻为取悦于皇后奇氏和皇子爱猷识理达腊，找脱脱商议授皇太子册宝礼事，脱脱加以推托。哈麻善于媚上，偷偷引进西天僧教妥欢贴睦尔运气术，哈麻的妹婿、集贤大学士秃鲁帖木儿亦荐西天僧伽磷真来教“演揲儿”法，使之修成房中之术，诱导妥欢贴睦尔yi乐。秃鲁帖木儿与老的沙等十人结为“倚纳”，引进公卿贵族家的命妇和街坊良家妇女到宫中，供妥欢贴睦尔和倚纳们玩乐，君臣全然不顾羞耻，男女赤身作乐。丑声秽行，着闻于外，脱脱对哈麻一伙益加痛恨。这时，脱脱利用战争停息之时，对农业生产抓得颇为有力。
至正十三年三月，脱脱用左丞乌古孙良桢、右丞悟良哈台建议，屯田京师地区，以二人兼大司农卿，自领大司农事，西自西山，南至保定、河间，北至檀、顺州，东至迁民镇，凡系官地及原管各处屯田，皆引水利，立法佃种，合用工价、牛具、农器、谷种、召募农夫诸费，给钞500万锭，以供其用。当年收成甚佳。又于江浙、淮东等处立分司农司，召募能种水田及修筑围堰之人各1000名为农师，教民播种，所募农夫，每名给钞10锭。
正当红巾军暂时失败之时，泰州白驹场，即今属江苏东台，盐贩张士诚于至正十三年初起兵，攻破泰州、高邮。十四年正月，张士诚据高邮，自称诚王，国号大周，改元天佑。六月，士诚破扬州，南北运河再次梗塞。九月，妥欢贴睦尔再命脱脱出师，南征高邮。其诏书语句颇为恳切：“朕于丞相共理天下者也，天下多故，朕轸其忧，相任其劳，理所必致汝往。”脱脱总制诸王各爱马、诸省各翼军马，董督总兵、领兵大小官将，号称百万，连“西域西蕃皆发兵来助，旌旗累千里，金鼓震野，出师之盛，未有过之者”。十一月，元军抵高邮，双方战于高邮城外，士诚大败，退入城中不出。元军分兵破、盐城、兴化等地。
脱脱出师之前，命汝中柏为治书侍御史，以辅助其弟也先帖木儿代理朝政。汝中柏认定哈麻必为后患，劝脱脱除之。脱脱犹豫不决，命与也先帖木儿商议。也先帖木儿向来无能，又认为哈麻曾有功于己，不从。哈麻获悉后，将脱脱拖延皇太子册宝礼等事，挑拨奇皇后、皇太子与脱脱兄弟关系。脱脱出师后，妥欢贴睦尔命哈麻为中书平章政事。哈麻大权在握，即唆使监察御史袁赛因不花奏劾脱脱兄弟，奏章称：“脱脱出师三月，略无寸功，倾国家之财以为己用，半朝廷之官以为自随。又其弟也先帖木儿庸材鄙器，玷污清台，纲纪之政不修，贪yi之习益着。”妥欢贴睦尔轻信谗言，又害怕脱脱成为伯颜第二，先罢也先帖木儿职，又下诏削脱脱兵权。
诏书到达军中之时，参议龚伯遂对脱脱说：“将在军，君命有所不受。且丞相出师时，尝被密旨，今奉密旨一意进讨可也。诏书且勿开，开则大事去矣。”脱脱曰：“天子诏我而我不从，是与天下抗也，君臣之义何在？”不从，遂交出兵权，由河南行省左丞相泰不花等代为总兵。客省副使哈剌回答说：“丞相此行，我辈必死于他人之手，今日宁死丞相前。”说完话，拔刀刎颈而死。妥欢贴睦尔临阵易将，高邮城下百万元军乱作一团，“大军百万，一时四散。其散而无所附者，多从红军，铁甲一军入襄阳，号铁甲兵者是也”。高邮战役元军不战自溃，是元末农民战争的转折点，从此，各路农民起义军转被动为主动，重新掀起规模更大的武装起义。
大约过了10年后，监察御史们上书说：“ji邪构害大臣，以致临敌易将，我国家兵机不振从此始，钱粮之耗从此始，盗贼纵横从此始，生民之涂炭从此始。设使脱脱不死，安得天下有今日之乱哉！”脱脱先被安置于淮安路，不久即命移置亦集乃路，即今内蒙古额济纳旗东南。
十五年三月，诏流于云南大理宣慰司镇西路，即治今云南腾冲西，流也先帖木儿于四川碉门。脱脱长子哈剌章肃州安置，次子三宝奴兰州安置，家产籍没。十二月，哈麻矫旨遣使鸩死脱脱于云南贬所，当时脱脱年仅四十二。二十二年，平反昭雪，朝廷下达诏令，恢复脱脱的官爵，并归还了他原有的家产。哈剌章、三宝奴也应召还朝封官，官复原职。