富和五百艘海船全部沦陷了，这对于郑家是致命的打击，郑芝龙要让福州百姓付出代价，以此来宣泄他内心的愤怒。
郑成功听了郑芝龙的话之后，内心一惊，他知道郑芝龙要干什么，这是要屠灭福州。
清晨的泉州城已经恢复了平静，明军将两万海寇全部消灭了，俘虏了超过一万人，明军也接管了泉州城防，黄得功下令任何人不得离开。
泉州的大清洗也随之开始了，因为郑芝龙的到来，泉州城已经面目全非，之前商贾云集的泉州城，现在已经是海盗的老巢，里面的商贾和文人早就不存在了，泉州的府邸全部变成了海寇的宅子，没有一丝文明的气息。
黄得功下令对这些海寇和他们的家眷进行清洗，海寇全部收押，他们的宅院也全部都被抄没了，至于里面的女眷，全部被收编起来，将来这些海寇将会被带到矿山劳动，至于他们的女眷，将会被作为战利品分配。
一番清理下来，明军收编了将近十万人，抄没了近千万两白银，还有大量的珍宝，加上郑芝龙在泉州的府库，此时全部落入明军之手，黄得功一下子得到了四千万两的钱财。
攻占泉州的消息很快就传到了南京城，朱由检顿时激动不已，黄得功两万精锐奔袭泉州竟然成功了，不仅消灭了两万海寇，收复了泉州，而且还缴获了四千万两财富，朱由检看到这里，激动的甚至笑了出来。
“好好，立刻传旨，赏赐攻打泉州的明军士兵每人一百两银子，军官将校每人五百两。”
朱由检大笔一挥，欢喜地说道。
此时朱由检正在朝会上，胜利的消息立刻让朝堂上面的百官一阵震惊。
百官都不知道明军有这个军士行动，很多官员刚才还在讨论退敌之策，眼下明军竟然直接攻占了泉州，抄了郑芝龙的老巢。
要知道东南叛乱最南对付的就是郑芝龙，但是局面一下子逆转了，明军先拿郑芝龙开刀，首先端掉了郑芝龙在泉州的老巢，这对郑芝龙可谓是致命的打击。
经过五天的漂泊，郑芝龙终于到了台湾，一路上如果不是郑成功的制止，郑芝龙几乎要将身边的人全部杀死了。
对于失去泉州，郑芝龙几乎疯狂了，他半生的基业全部都丧失了，如今狼狈地逃回台湾，之前计划的夺取中原也无望了，绝望失落中的郑芝龙变的更急暴躁，他要用杀人来宣泄心中的愤怒。
等到了台湾，郑芝龙立刻咆哮着询问军令是否传到了福州的郑芝虎手中，他要福州城消失，这样才可以让他内心好受一些。
得知军令已经送去了福州，郑芝龙这才勉强平静下来。
但是郑芝龙很快有开始暴躁起来，然后就开始对手下的人进行屠杀，当看到几个村民在路边劳作的时候，郑芝龙认为这些人对他不敬，立刻下令将几个村民挖心处死，然后又下令将这几个村民所在的村落也屠灭。
郑成功没有将郑芝龙的军令全部传达给二伯郑芝虎的，他只是在军令面写到立刻携带海船和手下撤到台湾。
郑芝虎在福州接到郑芝龙的军令的同时，泉州陷落明军之手的消息也传到了福州，郑芝虎立刻下令手下的一万海寇，连同他们的家眷全部登船，然后开始撤离福州。
对于在福州掠夺一番，郑芝虎根本就没有下令执行，毕竟他担心明军如果突然转攻福州，他们就没有时间撤退了。
虽然郑芝虎没有下令屠掠福州，但是福州城也早就和泉州城差不多了，已经被他们入驻的时候屠掠了一番。
当地的百姓稍微好过一点的都被屠掠了一遍，女眷沦为了海寇的玩物，城中没有一点文明的气息。
郑芝虎用了五天时间，这才撤离了福州，本来他还打算在撤离的时候放一把火，但是当天下起了雨，于是郑芝虎的计划就没有得逞。
就在郑芝虎撤离福州之后，北面的明军刘良佐部一个营的明军先遣人马进入了福州城，随后接管了福州，福州也被明军收复了。
随着泉州和福州被明军收复，郑芝龙在福建的力量也被一扫而空，郑芝龙遭受了巨大的损失，元气大伤。
明军收复福建的消息立刻传遍了天下，顿时让各方势力都震动不已。