惮，于是就抗旨不前，但是还是找了一个冠冕堂皇的借口搪塞过去了。
所以郑芝龙一直都非常烦恼朱由检，如果朱由检今天一个调令，明天一个圣旨传到泉州，他究竟是奉命？还是不奉命？
郑芝龙只想利用福建的优越位置壮大自己的人马，掠夺更多的财富，所以他根本就不会听命朱由检的。
可是不听命朱由检，他名义上还是大明的官，这就让郑家陷陷入了两难之中，而且没有了明朝总兵的头衔，福建百姓也不会拥护他一个海寇，这也是郑芝龙摆脱大明这个正统的原因，他既想利用这个身份壮大自己，同时也不想受到节制。
就在郑芝龙对朱由检烦恼的时候，桂王造反的事情让郑芝龙看到了希望，他立刻表明了归顺桂王的决心，并且用力桂王登基称帝。
朱由检的改革触动了很多人的利益，所以桂王的造反，暗中是会得到地主和商人支持的。
郑芝龙认定他跟随桂王，就可以在名义上摆脱朱由检的南京明朝，但是他还是大明的臣子，制止改到了桂王的名头下面，继续掌控福建，福建百姓视郑芝龙为明朝官员，而不是海寇。
而且郑芝龙还可以借助昏聩的桂王，让郑家的位置在这个桂王的明朝里面更高，为了这个帽子更加闪耀，郑芝龙一直在劝说桂王登基称帝，还制造了一些祥瑞出现，预示桂王乃是真命天子。
但是桂王却此时没有登基，这让郑芝龙非常不爽。
在郑芝龙的盘算里面，就是将来桂王失败了，他也不会丢弃桂王这个明朝的帽子，所以投奔了桂王，郑芝龙就有了桂王系明朝的头衔，以后就可以名正言顺地和南京的明朝对抗了，而且他还可以赢得对桂王忠心的美名。
“功儿，你放心便是，为父自有分寸，为父做的这一切，就是为了你们兄弟，还有咱们郑家，我要为你们兄弟攒下一份巨大的家业。”
郑芝龙随后朝着郑成功说道，他就是想要借助桂王系身份来对抗朱由检。
郑成功似乎也明白了父亲郑芝龙这样做的用意了，但是他的内心依然无法接受，郑成功认为既然投奔了明朝，就不该反叛，这样不仅自己不忠不义，就是让手下的人看了，也都会效仿，头领都是反复无常之人，那么他手下的士兵也会这样做，随时可以倒向另外一方。
郑成功随后在内心叹息了一下，然后说道：“这次明军必然引兵来攻，父亲还是早作打算的好。”
此时郑芝龙还没说说话，他身后的三弟郑芝豹就开口了。
“贤侄放心便是，有你二伯在福州驻守，不会让明军打到泉州的，况且从北面船工探查的消息，朱由检正在往南昌调兵，看样子是准备先对朱由榔下手。”
郑芝豹自信地说道。
他说的郑成功的二伯，就是郑家的老二，郑芝龙的二弟郑芝虎。郑家一共兄弟四人，老大郑芝龙，老二郑芝虎，老三郑芝豹，老四郑芝彪。
郑家师兄弟在海上活动了将近二十年，都是出了名的海寇，眼下郑家的主力大部都集中在泉州，有海船五百艘，兵马两万，余下的由郑芝虎带统领一万人驻守福州，郑芝彪统领一万人驻守台湾北部。
福州是通向泉州的必经之路，加上福州是靠海之城，就是明军围攻，也非常不利，而且还有郑家水师在泉州待命，随时可以支援，所以郑芝豹非常有信心守住福州。
而且郑家也往北面派遣了不少探子，这些探子多数都是以船工的身份混迹在江南。
此时这些船工送来的消息显示，明军开始在武昌集合大军，看样子是要攻打两广的桂王部。
郑芝龙也非常坚定明军不敢轻易对他动武，毕竟郑家水师强大，而且都聚集在福建沿海的福州和泉州，这两地紧邻大海，攻打非常困难，断定明军可能先从好下手的桂王开始，先灭桂王，然后再对付郑家。
郑芝龙也做了另外一个准备，那就是调集水师威胁南京。
郑芝龙要给朱由检一点颜色看看，让朱由检明白郑家的厉害，郑家可是在海上混了二十年，富可敌国，水师更是牢牢地控制着南洋，他郑芝龙其实就是南洋的皇帝，从来都没有将大明朝放在眼里。
郑芝龙要凭借水师的优势，好好地敲打一下朱由检，他已经准备让苏杭一带不得安静，派遣水师去苏杭掠夺一番，然后再进入长江，消灭朱由检的长江水师，直接兵临南京城下，让朱由检不敢轻举妄动。