良玉也是战将出身，加上前车之鉴的陈友谅，左良玉一定不会再犯陈友谅的错误，定会全力攻打南京城。
军事会意结束之后，朱由检留下了总参谋官李岩，李岩因为是刚效忠朱由检，加上之前还有闯贼的身份，所以很多明军将领都看不上李岩。
“李参谋，朕知道你的才能，这次也是证明你的机会，李参谋万万不可让朕失望。”
朱由检随后朝着李岩说道。
李岩立刻一脸严肃，然后说道：“臣谢陛下隆恩，定会全力剿灭叛贼。”
李岩知道朱由检对他的器重，但是明军将领们看不上他，朱由检此时的话点醒了李岩，那就是想要得到别人的尊重，那就需要自己证明自己。
李岩随后犹豫了一下，然后说道：“陛下，左良玉的水师是此战的关键，臣下有一策，可以剿灭左良玉的水师。”
李岩的话顿时让朱由检一阵欢喜，他此时最头疼的是如何消灭左良玉的水师，此时李岩有了对策，朱由检自然是欢喜不已。
很快，随着南京枢密院的军令下达之后，南京辖区的二十五万大军开始调动了，主力的第一军六万大军一天就集合完毕，然后浩浩荡荡地开赴最前线的安庆、池州一线。
第四军是水路都有的一支军队，三万水师将士架势战船从南京和镇江出发，进入当涂、太平府一线水面防御，同时第四军的三万步卒也沿江而上，准备进入当涂，在那里建立路上营垒，拱卫水营的安全。
陈子龙第二军全部进入南京周边地区，刘良佐的第三军则是沿着镇江倒江阴一线驻守，防止左良玉派兵南下骚扰江南之地。
随着大战的临近，整个江南地区也变得紧张起来，各处路口都有明军守卫，过往的人员都要接受严格的检查。
朱由检也感受到了军事改革之后的好处，现在军队编制非常清楚，不再是分散在各州府各自为战，各军调动也更加容易。
地方官员此时完全失去了对军事的控制，反倒是令明军变得更加灵活，战时可以调动到千里之外，没有战事的时候，就可以当做地方守卫部队驻守。
本来朱由检计划招募的二十万新兵只留下五万精锐部队机动，剩下的驻守地方，但是现在看来他当时的想法是错误的，军队的战斗力是在机动中发挥出来的。
所以朱由检决定未来废弃守备部队的编制，正规明军全部要按照野战部队进行训练，战事机动作战，没有战事的时候守卫地方。
随着明军的战事准备陆续开始，武昌城的左良玉也接到了各种明军调动备战的消息。
左良玉突然意识到南京方面已经有所准备，他必须要立刻动手，不然等到朱由检部署完成之后，那时他在进攻，必然会遇到更多的困难。
左良玉随后下令大军准备开拔，同时他也要为自己寻找退路，左良玉能够混到今天，不是因为他的鲁莽，而是他的精明算计，如果这一次攻打南京失败了，左良玉需要找一个落脚的地方。
眼下最好的地方就是满清，所以左良玉立刻派出亲信官员北上，和驻守洛阳的满清豫亲王多铎取得了联系。
很快，左良玉就得到了多铎的承诺，如果左良玉带兵来归，必然封王，毕竟左良玉的兵马有数十万，地位至少和吴三桂他们一样。
得到了多铎的承诺，左良玉多了一条退路，他同时告知多铎，他要攻打南京，作为归降大清朝的贡物。
得知左良玉要攻打南京，不明真实原因的多铎还真被左良玉的举动震撼到了，多铎意识到事情有些超出他的控制，于是多铎将事情告知了多尔衮。
多尔衮得知左良玉有意投奔，并且要攻打南京，精明的多尔衮立刻察觉到了左良玉的用意了。
多尔衮认定左良玉这是在寻找退路，如果他攻打南京失败，那么必然也在武昌无立足之地了，所以提前表明对大清朝投奔的意愿，到时候兵败了也好有一个退守的地方。
如果左良玉攻占了南京，多尔认定左良玉就不会再投奔大清朝了。
但是在多尔衮心中，无论左良玉如何做，他攻打南京，削弱明朝力量都是对清朝有利的事情。
于是多尔衮很快就回信左良玉，好声地安抚了一番左良玉，并且全力支持左良玉攻打南京，书信中言明就是作战失败，大清朝依然欢迎左良玉来投，王爵恭候。
有了多尔衮的亲笔信，左良玉安心了不少，于是立刻下令武昌水路五十万大军开始南下，直取南京。