多铎很快就从李自成手中夺取了河南的开封和洛阳，但是他没有继续攻打汝宁和归德两地，这两地由明朝河南巡抚陈潜夫和总兵高杰驻守。
高杰刚刚从南京返回归德府，为了增加河南的防御，朱由检将刚刚打造好的十门火炮划给了高杰的河南军。
高杰当初是李自成的手下，后来因为和李自成的一个小妾有染，为了防止事情暴漏之后，被李自成处死，于是高杰带着李自成的这个小妾直接逃走了，投奔了明军，后来因为战功一路做到了总兵的位置。
高杰不是明军中唯一的一个李闯出身的将领，此时在山东的杨彪和宋企郊两人，都是李自成的手下。
还有一个就是李岩，此时李岩已经跟随朱由检来到南京三个多月了，李岩身上的伤已经痊愈了。
在朱由检的一番安抚和劝慰之下，李岩同意为朱由检效命，朱由检随后就给了李岩一个参谋的职务。
参谋这个职务非常特殊，是朱由检设置的，这个时代还没有专业的参谋，朱由检非常清楚参谋的重要性。
尤其是在后世的现代军队中，很多专业的事务，都是由参谋负责的，这也避免琐碎的事情分担将领的作战经历。
朱由检成立了大明帝国参谋部，李岩被任命为总参谋官，负责对锦衣卫收集的情报进行分析，同时为朱由检作战提供帮助，制定作战计划，为皇帝和枢密院出谋划策。
这也是朱由检建立的第一个专业的军事辅助机构，参谋部将直接取代内阁对军事的参悟，将具体的军事作战计划和大明军事行动提供谋划的事情全部承担了。
虽然朱由检设置的参谋部是个全新的机构，但是位置非常重要，并且直接对皇帝负责，也就是说里面的官员都是皇帝任命，内阁和吏部无权过问。
同时朱由检还恢复了枢密院，任命江阴知府阎应元为枢密使，总领枢密院的军队政务，朱由检明确枢密院为作战指挥机构，负责调动大明军队，统御将领作战，直接接受皇帝指挥，也就是战时的总司令部。
枢密院和参谋部两个部门全部都归属皇帝直接负责，这也直接将兵部的权利大大削弱。
兵部现在负责新兵的招募和训练，还有将领和士兵的军功赏罚，军籍的管理，军官的培训，还有军械物资的制造，已经和直接统兵打仗没有任何关系了。
朱由检随后将锦衣卫并入了参谋部，巩永固也直接在参谋部担任参谋一职，直接负责情报的收集。
朱由检的一番任命，立刻将大明朝的兵权完全独立出来了，最重要的兵权完全掌握在皇帝手中。
尤其是枢密院直接归属皇帝指挥，枢密院有统御将领带兵作战的权利，这样各地总兵就直接接受枢密院的指挥，其实也就是接受皇帝的直接指挥。
一改之前大明内阁和宦官专权，干预军队指挥作战的局面，大大地提升了军人的地位和作战的职能，军人也有了一个安心的机构，以后不会有外人指手画脚，他们直接接受枢密院的军令，其实也就是皇帝下达的作战命令。
而且皇帝的作战计划都会出自参谋部，参谋部也直接对皇帝负责，这个环节都避免了内阁文臣和宦官的插手。
本来朱由检也想将兵部独立出来，但是兵部的职责中有很多都是需要内阁协调的，兵部和工部也有交际，兵部的军械大部分都需要工部来制造，而且军事物资也涉及到很多机构，如果单独将兵部独立出来，后来的协调合作将会非常困难。
于是朱由检就将兵部继续留在了六部之中，由皇帝本人和内阁一同统御，这样也可以方便协调物资的调配。
随着朱由检的一番改革，明军的管理立刻规范起来，同时朱由检还对明军一线作战部队将进行了整编。
各地方的部队统一由总兵统领，暂时按照原来的编制方式执行，但是南京的二十万新兵则是全部改用全新的编制。
朱由检对作战单位进行了全新的设置，之前卫所设置的有仕长，镇抚，百户，千户，指挥使等官职，然后就是参将，总兵之类的，最高的就是总督，也就是总督府。
朱由检认为此时大明的卫所制度已经荒废了，于是彻底改变了军队的编制，将军队编制而分为班，排，连，营，团，师，军，集团军。
对编制进行了改革，随后朱由检又开始实行全新的军衔制度，遵循军衔制指挥原则，谁的军衔高，就由谁来指挥作战。
此时在西洋世界，已经出现了现代军衔制度，朱由检也就直接参照执行了，从普通士兵开始，分为一等兵，二等兵，三等兵，四等兵，五等兵，其中五等兵是最低一等。
这是朱由检根据士兵服役年限制定的，朱由检制定的士兵服役年限一般为五年，所以就设置了五个等级。