入夜，两军的搏杀正在继续，现在两军几乎都无法脱身，从整体上看，宋朝的张世杰率领的战船，由于连锁在一起，当元军攻击的时候，有更好的展开面，床子弩、八牛弩和各种投石机投出的炮弹，稳定性和准确度都要更高一些，同时也因为是防御战的缘故，补给运送也更为实时和方便，只要元军的纵火船没有烧着宋军的水寨，那么对攻之下，宋军其实是占上风的。
同时，由于林夕的到来，煮海神釜的安装运送，导致宋军原来几乎整片的水寨，变成超过60个相对独立的水寨，因此在指挥上，信息的传递，变得不那么一刀切，各个水寨的统治官需要发挥更大的自主性，也便于发挥更大的自主性。
如果到两军战斗的具体情况来看，由于元军探子的深入和逃脱，元军已经定下夹击宋军张弘范旗舰坐舰的大方针，所以导致了大约两三百条大小船只，混在一起殴斗的情况，俗话说的里三层外三层，你中有我，我中有你，正是此刻的写照，所谓两军相遇勇者胜，现在变成，谁先顶不住，谁就彻底输掉。
张弘范发现这种情况，果断命令异动水寨，想自己靠拢，而自身则向崖山一处半峡湾处奇石岩移动，奇石岩峡湾处有几处岸防炮台，因为地势高一些，故而射程优势还是很明显的，岸防炮虽然准确度很差，但是好在提前对固定水域有一些了解，所以准备炮弹和瞄准，比船上的炮要快捷并且准确的多。
这样一来的结果，是宋军的本土防御优势格外明显，对元军的消耗明显增加了，另一方面，当连片水寨被接连攻破以后，形势变得非常混乱，元军在强攻之下，虽然损失很大，但是跳帮终于在几个水寨找到了突破口，一旦跳帮成功，元军弓弩手的优势立刻被放大了，他们源源不断地从缺口攻了进来，司马统制处坚决地顶住了压力，并且逐渐形成一个坚强的分割阵地，原来中军处反而因为实际上空虚，被张珪所部压碎。
吐鲁克以及几个蒙古万户，基本上沿着南向顺流而下，在司马统制南侧三里到六里的位置，开始突入宋军防线，八十多条大船率领两百多条小船，挤开一个正面一里半宽的缺口，随后，留下六十多条大船狙击宋军两侧，二十多条大船迅速穿插搜索宋军中枢。
到了下午六点多，天已经基本黑了，这时候，两军都不得不升起了各种灯笼信号，以及航行灯，至少要把阵营给分清楚。
由于两军船舶交叉分布，岸防炮已经很难进行有效的瞄准，所以岸防炮优势下降，元军五只百人队靠岸登陆，并与大约七点钟，攻陷一处炮台，随后，一个百人队元军抢夺炮台，驻留此处，立即旋转火炮方向，向着其他七处炮台放炮，放到第三轮的时候，炮台被击毁，百人队仅存十余人，但是已经击毁了两处炮台，并且被元军其他四个百人队又攻陷两处炮台，随后两处炮台同时攻击剩下的两处，最终元军剩下一处炮台，还有不到三百元军，三百元军分出一百军士操炮，剩下两百就地布防，炮台上还剩下能用的投石机两座、铜火铳两座、大型床弩一座，元军立刻将剩余战斗力全力投向宋军，特别是用投石机抛射轻重量火油弹，距离达到370多步，迫使宋军旗舰要么离开峡湾，要么登岸。
张世杰主张登岸，陆秀夫主张与将士们同生共死，争执之中，被两枚火油弹击中，前帆被烧着，张世杰命令往崖山陆地组织第二指挥部，陆秀夫离开张世杰旗舰，然后竖起了将旗。
下午七点，元军西岸大营接到传信，原李恒所部大军，接到传信以后，迅速越过中线，压向宋军已经被攻破的防线，准备了两万弓兵，七千多马队，另有一万多汉军。
晚间八点多，陆秀夫坐舰被烧着，吐鲁克带着三艘铁甲冲船，率先将陆秀夫前部两艘车船、一艘艨艟、一艘大海鳅船一一夹逼破甲，然后使用震天雷攻破水线船板，吐鲁克带领自己的车船，使用六座投石机，全部使用火油弹，燃烧了陆秀夫坐舰的甲板，然后轻松跳帮，陆秀夫举着火把，似乎要点燃将台上什么，被吐鲁克一箭射中肚子，钉在船舱壁上，陆秀夫又抽出佩剑，打算自尽，又被吐鲁克一箭射中右臂，陆秀夫又抬起左臂大袖子，袖子里面有大臣专用的毒药，打算咬毒自尽，但是为时已晚，被忽尔达潜行至此用匕首割断了左臂肌肉，陆秀夫大喝道：“有心杀敌，无力回天！吾儿，燃炮！”
正在此时，一个瘦小的身影猛地从船帮跑回来，拾起火把，点燃了一根引火绳，忽尔达大怒，抽刀要去砍引火绳，被那个瘦小的身影猛地扑倒，忽尔达抽出匕首，一刀捅向那个瘦小的身影脖子，然后用脚要把小个子踢出去，但是小个子死死抱住忽尔达的双腿，忽尔达几次没有踢开，就用匕首再此切割小个子的脖子，切割了四五下，终于弄开了小个子，爬起来再看，引火绳的火已经烧过甲板中的，空洞，向下烧过去。忽尔达毫不迟疑，立刻向着吐鲁克的旗舰跑过去，刚刚跳上吐鲁克的坐舰，还没有站稳，陆秀夫的坐舰猛地从里面爆炸开来，碎裂的船板、火油和各种杂物，猛地席卷而来，忽尔达被重重地摔在甲板上，翻了十几个滚。
抬眼再望去，陆秀夫的坐舰已经开始下沉，几乎断为两截，原来已经坐上舢板的几条逃生小船也被海浪卷翻。
忽尔达恨恨地爬起来，走向吐鲁克：“姐夫，就差一点，就把那个老不死的东西”
吐鲁克说：“忽尔达，不、不、不，你很好，今天，你才是一个真正的蒙古千户。那个家伙本来就心存死志了。我们是蒙古人，要的是胜利和战利品，少一两个人头，无所谓。现在，继续追击，还有一个大官。”
夜里十点多，张世杰的坐舰被火烧着了，但是张世杰已经率领一万多军兵登陆。
夜里十一点多，元军抢占的炮台被宋军重新夺回，元军敢死队仅剩下不到一百人，向山里继续撤退。
夜里一点多，元军四万多陆军元兵陆续抵达崖山，开始围剿崖山张世杰所部。
夜里三点多，宋军撤回岸上的部队一万多人和山上其他地方赶来的三万多人，对元军四万多人重新进行了反包围，夜间元军骑兵视线不清，只能承担辎重运输工作和巡逻，双方战斗了一个多小时，各有胜负，于是双方都开始树立营垒。
元军原来登陆地点，两军的炮火都能够袭击到，故而被击毁了很多，火光照耀之下，一片光明，两遍战船都不敢靠近，形成了僵持，而元军登陆输送通道，也暂时中断了。
此时，元军西岸几乎已经没有大船，整个战线在崖山一侧被压缩，原先林夕坐舰周围的几艘船也快烧到了尽头，有些地方被海水浸湿，很多杂物从船中留出，海面上一片雾气和烟尘升腾。