伏波将军马援的后人——世袭石柱宣慰使（俗称土司）马千乘，成为土司夫人。秦良玉当上石柱土司夫人后，对于石柱的军事、农耕以及老百姓的安居乐业都作出了十分重要的贡献。
重庆市石柱土家族自治县，这里以土家族人聚居为主。史载：唐武德二年，即公元619年这里建县。因为县城东部万寿山上有一对巨大的石头，很像一对男女，于是取名为石柱县。在明朝，石柱县称得上是穷山恶水，有“土蛮”之地的说法。即使到了二十一世纪，石柱县实际上依然很贫穷——习-大-大在2019年4月赴重庆石柱县中益乡华溪村扶贫考察即是证明。
自古以来，这里民风彪悍，朝廷政策稍不到位，他们可能就要闹腾或反叛。土司的主要职责是训练兵马，维护地方的稳定与安全。马千乘干的就是这个事情，恰好对了秦良玉的胃口，于是协助丈夫练兵。马千乘对此非常反对，因为一千多年来，历朝历代对“土蛮”之地实行的都是“蛮不出洞，汉不入境”的封闭性土司制度。直到后来雍正皇帝实行“改土归流”改革，土司统治的地盘才完全被王化。即使到了明朝万历年间，石柱土家人过的依然是刀耕火种的原始生活，很穷，老百姓饭都吃不饱，哪有精力去组建军队保家卫国？马千乘认为秦良玉练兵的想法是不现实的。
秦良玉不信这一套，没过多久，练出了一只“白杆马家兵”，远近闻名。那一年，秦良玉带领老百姓在山上种玉米，她判断当年有旱灾，玉米耐旱，到时能派上用场。那里贼匪很多，如果发生旱灾，贼匪们没有吃的会干什么呢？他们肯定会来枪。怎样保护自己的粮食不被抢呢？只有练兵。秦良玉迅速将土家人进行编队，训练他们打仗，安排这些人手持白杆长矛巡逻保护庄稼，于是一只平时为民、战时为兵的石柱白杆兵就诞生了。老百姓为了维护自己的利益，保护自己的财产，所以积极主动地练兵，收效十分显著。恰好当年果真发生了旱灾，只有玉米获得了丰收，于是老百姓对秦良玉十分信服和崇拜，把她当做了神明，更多的老百姓加入了她的白杆兵。
秦良玉组建白杆兵之后，因为这份家底，很快登上了征战沙场的历史舞台。明万历27年，杨应龙在贵州遵义叛乱，秦良玉协助丈夫马千乘前去平定叛乱。万历41年，马千乘被太监邱乘云诬告，病死于云阳的监狱，秦良玉于是替代马千乘的职位。从此，秦良玉率领兄弟秦邦屏、秦民屏先后参加抗击清军入关之战、平定奢崇明之乱、张献忠之乱等战役，战功显赫。史载：崇祯十七年（1644年），张献忠领大军长驱直入，进犯夔州，秦良玉率军前往救援，但寡不敌众，被击溃。张献忠攻下成都后，秦良玉对部下说：“我兄弟二人都战死沙场，我一个妇人，受国恩二十年。到现在这种地步，也敢与贼势不两立！”于是秦良玉分兵守卫石柱。张献忠虽滥杀无辜，却不敢来石柱，因此石柱一方百姓得以保全。
明天启元年，明熹宗朱由校加封秦良玉为二品诰命夫人。崇祯皇帝朱由检曾作诗四首赞颂秦良玉。隆武二年（清顺治三年，1646年），远在福建的隆武帝朱聿键派使节专程赴石柱，加封秦良玉太保兼太子太保衔，封忠贞侯。同时近在西南的永历帝朱由榔加封秦良玉太子太傅，任以四川招讨使，仍以镇东将军督兵平定川中诸贼。永历二年，明朝宗室朱荣藩称监国于忠州，派使者征粮于秦良玉，秦良玉不应，朱荣藩遣军攻之，秦良玉求救于李占春，朱荣藩才退走。五月二十日（清顺治五年，1648年7月10日）寿终而死，享年75岁。秦良玉死后后世文人赞颂秦良玉所作的诗词非常多，近代冰心、郭沫若也对秦良玉大加称赞，爱国将领冯玉祥也曾说到：“纪念花木兰，要学秦良玉。”