建文九年正月初九，朱允炆下达了征倭的命令，并向倭国派去了使者，正使为兵部侍郎方宾，副使为朝鲜布政使司左参政全准，他们抵达倭国的时间是严格定好的，必须是三月初四。他们带去的是最后通牒，只给了倭国五天的时间。
因为征倭军总指挥盛庸接到的命令是五月份之前必须在倭国的九州和四国站稳脚跟。因为五月后，就是倭国的雨季了，沿海经常有台风肆虐，朱允炆可不希望再来一次“神风”。
不过对于这个问题，海军的看法则完全不同，他们认为只要不是特别大的台风，对海军舰队的影响是非常小的，这次出征的战斗舰队、运兵舰队都是专门的海船，坚固无比。在这一点上，大明与昔日的元朝完全不同，他们的所谓海船实际上只是仓促赶工的江船，不仅吃水钱，而且船板很薄，不耐风浪，所以才会出现两次惨败的情况。
当了这么多年皇帝，朱允炆对这种话已经免疫了，不过大明的两只舰队在倭国周围待了近一年，也曾经遇上台风，但相对来说，损失还在可接受范围之内。
为了避免“神风”再现，朱允炆还将工部、工学院的官员、工程师派到倭国周围的小岛上，实际测量风力、降雨、涨退潮、风浪等等信息，尽可能的保证万无一失。
同时海军舰队在配合陆战旅登陆的同时，也尽可能的测量当地的水文情况，而陆战旅也会尽可能的抓捕一些倭国沿海的村民，从中取得详细的海况信息。
经过这些准备之后，朱允炆终于下达了征倭的命令。
征倭军总指挥为盛庸，分为两个方面军，南方面军总指挥为盛庸，北方面军总指挥为瞿能，北方面军的作战方向为倭国北部，即九州北部和本岛北部；而南方面军作战方向为九州西部、南部、四国岛南部，甚至还包括本岛南部，作战范围内的军队分别归属两位总指挥指挥。
为了确保此次征倭成功，朱允炆将卫护京师的第四近卫军海云龙部和第六近卫军邵云部分别配属南北两个方面军，同时将正在修整补充的近卫第一军张伦部、第二军曹玉书部调到京师，接替第六军和第四军的防务。
而另一方面，决定与明军血战的足利义满当机立断，将鹰派足利义持、斯波义将等人派往九州，主持九州防务，今川贞世、涩川满赖、大内盛见、大内弘茂等人归其统辖。
足利义持赶到九州后，立刻在太宰府内召开了军事会议，但是讨论的结果却让足利义持非常失望，与会的九州将领，如今川贞世、涩川满赖、大内盛见、岛津元久等人都普遍有些悲观。
如果明军进攻早有准备的博多港，大家都有信心应付，因为沿岸三米高的石垒足以让明军流尽最后一滴血，但是明军水师强大，他们并不需要选择博多港，他们还可以选择鹿儿岛、大隅、筑前甚至肥后等地，这些地方也有天然良港，当然最有可能的是明军曾经登陆过的鹿儿岛。
如今鹿儿岛已经收复，但是兵力不足，实际上整个九州兵力都不足，因为需要防守的地方太多了，而以大内盛见、岛津元久等人为代表的大名都担心自己领地的安全，其中以岛津元久为最，因为他的鹿儿岛城已经被攻破过一次，其远支兄弟义久当场战死。
会议进行的很艰难，大家都希望防守自己的领地，向自己的领地增兵，最后达成了折中意见，今川贞世、大内盛见负责博多湾防线，涩川满赖、岛津元久负责鹿儿岛、大隅方向，而