明日香已经觉醒，所以肺腑一番后就决定一定要让所有人都看看自己的实力。不就是启动试验么？她就要让三号机动起来。
在tv版本里三号机的驾驶员是碇真嗣的好基友铃原东治，剧场版里换成了明日香。不过结果都差不多，都是三号机被使徒侵蚀暴走。初号机迎击，但碇真嗣却不想伤害朋友，最后碇源堂启动傀儡系统打碎了三号机，最后甚至咬碎了插入栓。
杜兰认为碇真嗣根本没有必要拒绝，因为他一拒绝，事情就会变得更糟糕。本来他要是控制一点，插入栓至少不会被咬碎。
当然也可能是少年根本没有控制战斗损失的能力，没学过，或许少年出手造成的破坏比傀儡系统还大。
总之现在二号机被封存了起来，明日香要去驾驶三号机了。
插入栓里的明日香只感觉一阵强有力的推背感，就被使徒推着进入了意识的深处。光谱分析变为了蓝色，三号机被定义为了使徒。
“是侵入型的使徒？”赤木律子立刻怀疑三号机已经被入侵了，使徒就在三号机体内。
葛城美里紧张地说道：“弹出插入栓。”
程序启动，但插入式卡在半路，因为三号机的盔甲之间长出了皮肤一样的胶质物，拉住了弹射仓，插入栓就卡在脖子后面，弹射不出来。
“明日香？”葛城美里立刻知道少女要危险了，因为现在少女的各种数据都中断了，根本不知道她是不是还活着。
咻，三号机脑袋顶上出现了光环，并且挣脱束缚朝第三新东京市逼近。
“迎战吧。”司令严肃说道，三号机头顶的光环让他有很不妙的感觉。使徒不应该有光环，只有亚当才应该有。eva觉醒的话也有，因为eva基本都是克隆亚当而来，所以觉醒的话也能冒出光环。
难道说不是使徒，而是三号机觉醒？可是怎么会如此？完全想不明白。
初号机出击，不过碇真嗣并不知道自己即将面对什么样的对手。等到他看到从夕阳中漫步而来的三号机时，直接就傻眼了，因为这不是eva么？怎么这次的敌人是自己人么？而且如果他没记错的话，这应该就是明日香做启动试验的三号机吧？
“到底是怎么回事？明日香还好么？”这个时候少年其实已经看到卡在脖子后面的插入栓了，但碇真嗣还是不死心地问了一句，或许明日香并不在里面。
“这些你不需要知道，你面前的是敌人。”碇源堂冷酷地对自己的儿子下达命令：“你的任务就是消灭敌人。”
“可是，爸爸，明日香在里面吧？”碇真嗣表示里面可是有美少女啊，拳脚无眼，他怎么能对美少女出手？
碇真嗣怜香惜玉，但三号机可不会。咻，直接进行攻击，手臂伸长，就好像是吃了橡胶果实一样，一把掐住初号机的脖子，把它按在山坡上。
碇真嗣很难受，但还是没反击，甚至都没有张开at力场，他只是绝望地喊道：“明日香，你听得见么？”他相信只要明日香听得见，那一切还有挽回的余地。
不过回应少年的，只有无言的掐脖子。在旧剧场版的最后是碇真嗣掐着明日香的脖子，现在反过来了，是明日香掐着碇真嗣的脖子，真的是天道好轮回，苍天饶过谁。