美国队长所在的牢房非常牢固，在不触发警报的情况下救出美国队长，需要专业的科技人员才行。
但神盾局的科研人员大部分都被调离，去执行一项和宇宙魔方有关的秘密项目，神盾局高层已经被洛基控制，那个项目应该是洛基的主意。
洛基不知道对宇宙魔方有什么阴谋，将神盾局的科研人员都调走进行宇宙魔方计划。
但现在总部没有科研人员，让科尔森有些头疼，但他还是勉强找到了两个何时的目标，两个刚刚从神盾局学院毕业的‘雏鸟’。
这两个雏鸟就是菲茲和西蒙斯，他们刚刚从学院毕业，因为成绩优异，还有院长的推荐信，所以两人都是五级特工，算是属于实习阶段的科研人员。
科尔森手头上是在找不到人了，只能找到他们两个，死马当活马医了。
当他们两个得知神盾局的真相，神盾局高层都被外星人控制了，美国队长被关押，两个刚从学院毕业的雏鸟，吓的差点站不稳摔倒。
看到他们两个人的样子，科尔森也是无奈，他实在找不到信得过，没有被洛基控制，也不会被注意到的人。
菲茲和西蒙斯平静心情后，表示一定会帮科尔森的，最近神盾局总部的变化，那种气氛，实际上所有人都察觉到了。
虽然菲茲和西蒙斯刚刚从学院毕业不久，但两人的专业知识是非常过硬的，帮科尔森制造了一种仪器，能够打开关押美国队长的牢门。
科尔森让梅等人寻找能够信任的人，制定逃离计划，打算逃出总部。
洛基等人没想到科尔森等人的计划，科尔森当晚，连夜解救出了美国队长，还找回了美国队长的装备，随后，一行人夺取了空客，从神盾局总部逃了出去。
当基地的警报响起，洛基等人注意到时，一切都已经太晚了，科尔森等人已经逃跑了。
随后，神盾局就发布声明，科尔森等人叛变了神盾局，同时蛊惑了刚刚解冻的美国队长，命令神盾局抓捕叛徒，格杀勿论。
而科尔森等人逃出了神盾局总部后，自己暂时安全了，紧接着就得想办法拯救神盾局。
神盾局的全名是国土战略防御攻击与后勤保障局，这个部门的意义就是一道防线，一道保护全世界，全人类的防线，屹立于人类与诡异、神秘、危险之间的防线，防止人们得知他们还没有准好接受的消息，保护全人类的安全。
比如，绿巨人、神域雷神、异能者、外星生物等等，这些都是人类无法接受，会在社会上造成大面积恐慌和舆论的事实，神盾局将其隔绝，不被民众知晓，暗中解决这些的问题。
但现在守护人类的这道防线，这个盾牌，竟然被外星人夺去了，而且，还不知道这个外星人究竟有什么阴谋计划。
现在不仅仅是神盾局安危的问题，而是关乎整个地球，整个人类的危机。
科尔森暗中联络各地的神盾局特工，声明神盾局总部的情况，但却得