在占领据点的行动稳步推进的时候，李牧同时又做了另一件事。即，推翻倭国‘天皇’之说，重塑倭国的政治体系。
其实在唐初，倭国的天皇之说，也就是刚刚出现不久。第一个提出‘天皇’之说的人，正是山背大兄王的父亲圣德太子，在他摄政倭国的时候，写了一封国书给隋炀帝，国书中写道“东天皇敬白西皇帝”，曾引起过隋炀帝的怒火。
同时，这位圣德太子还做了一件事情，堪称是开启了倭国弄虚作假之源头。他为了让后人接受‘天皇’，创造‘皇权天授’的法理性。借道教辛酉年之说，编排了“皇纪”。推古九年，辛酉年，圣德太子在斑鸠宫推行改革。因辛酉年每六十年出现一次，亦称一轮。按道教的说法，每一轮辛酉年是发生变革之年。而第二十一轮的辛酉年则是发生彻底的大变革之年。于是，圣德太子以推古九年为起点再往上推第二十一轮的辛酉年为倭国建国之年。规定该年的阴历一月一日为神武天皇登极之日。按照这种推算法，把皇统向前多推算了大约一千年。
在这一千年的空白中，倭国没有任何的文字记载，为了填补这段空白，他又人为地安插了十余位虚构的天皇。并且为每一位天皇，都编了年表故事，堪称是老枪手了。圣德太子按照这种逻辑编修了倭国史。并且，烧毁了几乎他能找到的所有民间史料，让他编写的历史，成为后人唯一能找到的历史依据。
但其实，倭国哪有那么长的历史？真正有据可查的天皇，从第十五代应神天皇开始，才有实物。
应神天皇，有陵寝现存，史料也记载得相对完整。他有过开发池沟，兴修过水利，大力发展农业。应神十六年，百济人王仁携带《论语》10卷，《千字文》1卷来到倭国，汉字始传入倭国。倭国开始使用汉字--正式文书用汉字，且用汉字为日语注音。应神时代，对应中原的三国时期，大批的沿海百姓因战乱没有出路，这些人给倭国带来先进的文化和生产技术，极大地促进了倭国的发展，也是在这个时候，倭国开始有意识地派遣人员来中原交流。
从三国末年到唐初，最多也不超过三百年的历史。与泱泱华夏相比，可谓不值一提。
天皇之说，才出现不到一百年。即便在倭国，也没有根深蒂固。大部分的倭国人，还是只当自己是大和子民，而对天皇一说，并没有十分在乎。
这也是李牧决心，推翻天皇之说的底气。毕竟如果百姓已经认同了天皇之说，还是不好强行更改的，他想要殖民倭国，不能激起民愤是很重要的一点。
经过这么多天的调查和研究，李牧总结出了不少的经验。一个最明显的表现就是，倭国人对天朝上国，还是非常买账的。他们对中原有着无限的向往，任何跟中原沾边的事儿，他们都心向往之。
有一些几代之前迁居倭国的人，还会以祖上有中原血统而沾沾自喜。甚至不少投到山背大兄王阵营的人，他们根本就不是为了山背大兄王，而是为了站在他这边的大唐。他们根本就不相信，凭借苏我氏父子，能够跟天朝上国开战。巨大的万石船，带来的视觉冲击力，让他们坚定不移地相信，天朝上国的实力是无限的。
在这一点上，后世的倭国也是没什么区别。
李牧便利用这一点，恩威并施。他给予亲唐的倭国人‘上升’的渠道，同时加深这种差距，保持两国之间的代差。他给予倭国的技术和任何形式上的帮助，都是大唐的淘汰品。让倭国人永远保持对大唐的向往，固化这种概念，让其根深蒂固。
另一边，他也在法理上面开始动脑筋了。
他纠集倭国的学者，重新修订倭国历史。虽然民间的史料已经很难找到了，但是人还是找得到。其中不少人，甚至参与了当年圣德太子编纂倭国历史的工作。毕竟圣德太子才死了没有几年，这些人活着也十分正常。
李牧对这些学者，给予了相当的尊重。他没有像圣德太子一样，强迫这些学者篡改史料，而是希望他们用严谨地态度，重新修订倭国史。因为李牧心里清楚，如果排除圣德太子造假的这些，倭国的历史没什么称道的地方，而且与中原王朝密切相关。
他找的这些学者，都是当年对圣德太子篡改历史心存不满的人。他们当年敢怒不敢言，现在有了李牧，有了大唐撑腰，一个个都憋着把被篡改的体无完肤的历史修正过来的念头，不用任何人督促，丝毫没有半点怠慢。
很快，他们便把圣德太子呕心沥血‘创作’出来的十几个天皇都一一驳斥了，跟李牧记忆中一样，把现在这一系天皇的历史，缩短到了第十五代天皇，并且，对第十五代天皇的年龄重新修订了。
圣德太子编纂出来的历史中，应神天皇活了一百一十岁，这在古代几乎是不可能的岁数。订正之后，这个年龄变成了六十九，虽然年纪也不小，但相对来说靠谱得多。
同时，他们深挖历史。把应神天皇之前的倭国，称之为古倭国。在他们的定义里，古倭国是一个由大大小小数百个国家组成的联合体。这也是有证据可寻的，有人见过，圣德太子有一枚印章，上面刻着五个字，汉委奴国王。而在李牧随船携带的书籍中，找到了印证。
《汉书·地理志》中记载：“乐浪海中有倭人，分为百余国，以岁时来献”。
《后汉书·东夷列传》“建武中元二年倭奴国奉贡朝贺，使人自称大夫，光武赐以印绶。”
这些记载，可以还原出一个事实。在东汉初年，古倭国大大小小有数百国，其中一个较大的部落国王为借助强盛的汉帝国的权威，取得凌驾于其他部落王国之上的地位，于是遣使朝觐汉朝皇帝。汉朝皇帝嘉许其远来恭敬之情，授以金印，