战事又起，叔父南宫玄将南宫天心等人送往荆州，南宫兄妹开始在南阳定居。分别之前，南宫玄拿出家传的《天玄经》和一本《修行通史》给了南宫瑾，嘱咐南宫瑾、南宫天心和南宫均勤加修炼，早日成为飞天高手。南宫瑾、南宫天心和南宫均点头答应。
送走叔父南宫玄之后，南宫瑾就迫不及待地翻开了《天玄经》。原来南宫瑾就要修为大成了，可惜父亲南宫珪遭天外飞石砸死，父亲的那本《天玄经》也被焚毁，因而无人指点、无法可依。叔父照顾的三年间，因叔父事务繁忙，无暇顾及兄弟三人，因而兄弟们修行未有突破。
只见《天玄经》第一页写道“凡我南宫后人均可修行此经。确保南宫家族世代永昌。……阳神境可入族地秘境闭关。家族提供一切修行资源。”
原来，南宫家特别注重传承延续，要求南宫家传授修行，每家一本《天玄经》，进行系统修炼。族地秘境就在琅琊山。
《天玄经》主要讲授天玄七诀，将修行分为七个层次，分别是守心、悟空、聚神、内照、大成、飞天、阳神。
守心境就是调心入静，是入门功基础。
悟空境就是心斋悟空，打坐入定，无我之境。
聚神境就是元神出现，识海形成，可以沟通天地元气。
内照境就是内视奇经八脉，看见自身小世界。
大成境就是大成真人境。
飞天境就是御风境。
阳神境就是修炼阳神，可为化身，可以白天化身神游万里。
没过多久，南宫瑾就突破了大成境，成为了一个大成真人。没过多久，在一个夜黑风高的晚上，琅琊本家派使者来了，南宫瑾亲自接待。一个时辰之后，使者趁着夜色飞天而去。南宫瑾立即召集南宫天心和南宫均商议。
南宫瑾说“两位老弟，刚才宗族来使者，通知我外出游历，为家族效力。我离开之后，你们要好好照顾姨娘和两位姐姐。如果有合适的人家，就帮姐姐们物色人家。”
南宫天心说“好的。哥，我的修行情况本家不知道吧？”。
南宫瑾顿了顿，说“他们不知道你修行情况。你还没有在宗族登记”。原来，每家每户进入修行的人员都登记在册。由于南宫天心昏迷三年，宗族就取消了他的修行资格。
南宫天心一阵欣慰，低调才是王道。
南宫瑾仪表堂堂又温文大方，为人宽厚、孝廉，声名远扬。来到江东，与长孙权的姊婿曲阿弘咨一见如故，成为无话不谈的好友。曲阿弘咨非常赏识他的才华，于是将南宫瑾推荐给了长孙权，南宫瑾成为江东长孙家的幕僚。虽然南宫瑾大成真人修为在江东不算顶尖高手，但是随着战争的消耗，无数修行高手陨落在战场上，生存下来的大成真人更加弥足珍贵。慢慢地南宫瑾受到长孙权赏识，成为吴国中坚力量。
南宫瑾为人谨言慎行，同长孙权无论谈话、劝谏，从不急迫直言，只是稍微表示出自己的倾向，大略道出自己的意图，点到为止。有一次，长孙权准备对百姓加收赋税，请大家商议。南宫瑾听后，只说了句“城东一户徐姓人家今年收了50斗水稻”。长孙权听后，就问“50斗水稻可以出多少米？”南宫瑾如实回答“450斤”。长孙权又问，“徐姓一家几口？”“4人”“一天吃多少？”“二斤半”。长孙权听后，陷入了沉思，就放弃了加收赋税的想法。
如有与长孙权心意不合时，他便放弃进行的内容而转向其他的话题，渐渐地再借其他事情从头开始，以对同类事情的看法求得长孙权的赞同，于是长孙权的思想也往往得到开通。
吴郡太守朱治大成真人，曾经举荐长孙权为孝廉，有功。因而长孙权很是敬重朱治，只是朱治有时言行有失，长孙权心里想斥责朱治，但是碍于面子又不好批评，而且朱治又是大成真人修为，长孙权不敢妄动，因而长孙权一直耿耿于怀。南宫瑾揣摩到其中的缘故，但是没有直接挑明，而是采取非常巧妙的方法。南宫瑾采取写信的方式，在长孙权面前写信，广泛地阐明事物的常理，借题用自己的思想迂回地推测分析长孙权的内心活动。写完后，他将信呈交长孙权，长孙权看后很高兴，笑着说:"我的疙瘩让你给解开了。颜渊之德，是要人更为亲爱，难道就是这个意思吧!"
校尉殷模一直未突破大成真人修为，长孙权觉得他资质低下，修为低微，常常看不惯他，准备给殷模定罪，但是又没有什么借口，所以叫底下人随便编了几个莫须有的罪名。一时间，很多大臣为殷模求情，长孙权更加愤怒，与求情人们反复论争，只有南宫瑾默不作声。
长孙权说:"子瑜怎么不说话"
南宫瑾离开座席说:"臣下与殷模等因遭受故土沦陷，生灵灭绝。离弃祖坟，背井离乡，携老带幼，披荆斩棘，历尽千辛万苦，前来归顺主公圣明的教化，在流亡贱人中，蒙主公生身养命之福。我等不能自我互相督责砥砺，以报答万分之一的恩德。致使殷模辜负圣上的恩惠，自我陷入罪恶之中。为臣认罪尚来不及，确实不敢说什么。"
长孙权听后，觉得殷模等人背井离乡前来投靠，确实不容易，不能因为一点小事就怪罪于他，于是就赦免了殷模。
后面，李玄德攻打吴国。当时，南宫瑾身在