三年后。
遍地废墟，荒无人烟。
天空乌云密布，昏昏沉沉的，一整天过去，始终不见太阳光线照耀。
曾经的高楼大厦，如今的断壁残垣内，也罕有光亮，一切都像是被黑暗吞噬了。
那是大量放射性尘埃积聚于大气之中，造就了永恒的黑夜。
审判日。
所有幸存者终生难忘的一天。
那天，多个被称作数码宝贝的未确认生命体之间似乎发生了冲突，并且展开了激战。
尽管没人知晓原因。
但在不久，经过一番混战，人造卫星透过满目疮痍的建筑群观察发现，那火红身影在某个时刻忽然消失得无影无踪。
朱雀兽死了。
一时间，几乎全人类都在庆祝，那位世界毁灭者-朱雀兽的灭亡。
然而，不知为何，不知源头，不知是谁，突如其来发动的全面核战争，彻底地摧毁了世界。
可能是乐极生悲？
一朵又一朵。
无数蘑菇云缓缓升起。
操作者得令，面无表情连续发射，库存迅速消耗殆尽。
地球喷完烟雾之后。
惊天动地的大灾变结束。
寒冷、饥饿，无情降临。
五大洲无一幸免。
紧接着，强大得离谱的家伙们粉墨登场，互相制衡，世界被划分为三股势力。
燃烧军团，主要由三位魔王组成的恶魔军队，据说与世界末日的发生有着某种联系，为首者更是被称作暗黑破坏神，比朱雀兽更