马士英并未直接进入四川，从潼关直接南下进入湖广的郧阳，与在郧阳等候的邓世秋，以及从凤阳赶赴郧阳的凤阳总兵程仲地会和，两路大军会和之后总兵力达到了十万人，从兵力配置方面来说，马士英率领的五万大军属于生力军，所有军士都经历了马栏山之战的惨烈厮杀，彰显出来强悍与杀气，邓世秋与程仲地率领的五万大军主要为原湖广总兵左良玉麾下的军士，虽然经历了几个月的浅黄训练，但绝大部分军士都未经历过惨烈战斗的磨砺，单从战斗力方面来说要差一些。
两路大军会和之后，马士英明白了皇上的良苦用心，自崇祯十三年以来，张献忠变开始进入四川作战，导致四川各地局势大乱，期间张献忠转战湖广和南直隶所辖庐州等地，崇祯十七年正月再度进入四川，先后攻克重庆和成都等地，四川巡抚龙文光等官员因不愿意投降，被张献忠尽数斩杀，封地在四川的藩王朱至澍、朱至渌自杀，张献忠在成都称帝，国号大西。
张献忠对四川各地的统治异常残酷，所占领的地方，士绅富户要么全部逃离，要么几乎被斩杀殆尽，至于说各地的反对力量，更是不遗余力的剿灭和斩杀，以此来稳定四川的局势。
四川总兵秦良玉、参将杨展在诸多士绅富户的支持下，率领少量的兵力与张献忠周旋，大明京城被李自成攻陷、崇祯皇帝自缢身亡，给予了秦良玉和杨展等人沉重的打击，四川地方的士绅富户在局势不明朗的情况之下，各自为政，逐渐开始不听从朝廷的号令。
朱慈烺登基之后，四川总兵秦良玉、参将杨展先后写去了效忠的奏折，不过逐渐积聚起来力量的少量士绅富户，对于朱慈烺和朝廷没有多大的兴趣，他们一门心思想着打败张献忠，确定下来自身的势力范围，而且他们冒天下之大不韪，居然敢于暗算和斩杀朝廷任命之官吏。
皇上专门抽调强悍的生力军进入四川，目的就是彻底打败和剿灭张献忠，狠狠打压那些不知道天高地厚、各自为政的士绅富户。
马士英明白自身的重任，他这个四川总督，接下来恐怕也竭尽全力，一方面务必要彻底剿灭张献忠，另外一方面也要完全稳定四川的局势，清除那些狂傲的士绅富户。
马士英很聪明，他详细分析和揣摩了皇上的所有话语，从中还是悟出了一些东西，譬如说究竟要怎么样对待四川的士绅富户，哪些士绅富户应该被抄没家产，如何对待张献忠任命的地方官员，是不是全部都要斩杀，如何保证四川的局势能够真正稳定下来，要知道四川经历了张献忠的蹂躏和部分士绅富户的嚣张，朝廷确立的制度荡然无存，朝廷任命的官吏损失殆尽，绝大部分的财富集中到张献忠的手中，包括部分的士绅富户手中，接下来稳定四川的局势肯定需要消耗钱财，朝廷不可能拨付多少的钱粮，这就要依靠他这个四川总督来想办法。
马士英牢牢记住了一点，自己不伸手拿一文钱，缴获的钱粮全部用于四川地方，用力大军征伐的开销，这样肯定没有问题，至于说其他方面，皇上亦说过一句话，治乱世须用重典，当下的四川不就是这样的局面吗。
四川道路艰险，蜀道难，难以上青天，这不仅仅是说四川境内道路难行，包括进入四川的道路都是异常险峻的，北面毗邻陕西汉中，秦岭横亘其中，南面与云南、贵州接壤，云贵高原摆在面前，东面与湖广郧阳、施南宣府司等地接壤，武陵山阻断了交通，至于说东面，则是与乌斯藏都司接壤，那是称为雄鹰都飞不过去的地方。
所以如何神不知鬼不觉的进入四川，尽快发起对张献忠的进攻，就是马士英需要马上确定下来的事宜。
桌案上面摆着地图，这是情报司重新绘制的四川行省详细地图，上面标注了被张献忠占领之地方以及派驻军士驻扎的地方。
当下张献忠直接控制了四川所辖的成都府、顺庆府、叙州府、潼川州、嘉定州、泸州，重庆府大部分地区，夔州府部分地区，以及保宁府和龙安府的部分地区，可以说四川行省绝大部分地方都被张献忠染指，当然张献忠的主力主要分布在成都府周边。
四川总兵秦良玉讨伐张献忠遭遇惨败之后，退守石柱县，很少主动出击，参将杨展主要是在夔州府和重庆府一带活动，伺机进攻成都，不过因为兵力不足等问题，一直都没有对张献忠形成直接的威胁。
马士英率领大军征伐四川，还有一个非常现实的问题，那就是四川交通条件落后的