话说当初鲁智深率军剿王庆，攻打荆南城时，有城中义士萧嘉穗，是两淮（淮南东路，淮南西路）名族萧家族人，他鼓动组织城内民众，救出被俘得梁山好汉裴宣，打开城门放梁山军破城。鲁智深等见萧嘉穗有胆有识，甚为敬佩，竭力邀他入登州节度使府。萧嘉穗嫌官场肮脏，本无心宦途，在鲁智深等劝说下，便自来登州看了再说。
萧嘉穗到了登州，见到登州节度使府欣欣向荣的情形，很是震撼，便去求见林冲。等了数日后，林冲自耽罗岛回来，与萧嘉穗相见交流，相见恨晚。萧嘉穗决定，加入登州节度使府。林冲便安排他参加登州政学院的官员培训班，三个月结业后，叫他去密州担任知府，利用萧家在淮南东西路的势力，推销产品，设立耳目，建立关系。现任密州知府萧让，调任登州知府，接了胡铨的兼职。
有胡铨总理政事，鲁智深领军在外，林冲回登州后的二三个月，多放在船厂等工技厂场，登州政学院，梁山军校，蒙学小学的设立，基础设施建设等方面。这里就不细表了。
到了宣和二年（1120）末，梁山军凯旋而还。林冲知道，接下来朝廷该剿方腊了。水浒原著中，一百零八条好汉，打方腊三停折了二停。因此林冲早就决定，梁山军绝不参与清剿方腊。
宋徽宗在江南设立了“苏杭应奉局”，派专人四处搜刮花石竹木和奇珍异宝，之后再用船只运回汴京把玩。东南地区的人们深受其害，他们将每十船组成一纲，称“花石纲”，专门用来指代中国历史上专运奇花异石以满足皇帝喜好的特殊运输方式。花石船队所过之处，当地的百姓，就必须供应钱谷和民役。北宋“六贼”之一朱勔，一面为宋徽宗征收花石纲，一面乘机巧取豪夺中饱私囊，给百姓造成巨大苦难。
方腊所在的青溪县，由于盛产竹木漆，更是“花石纲”的重点剥削对象。当地人深受其害，尤其是像方腊这些出卖劳动力的赤贫者。方腊借机在周边传摩尼教聚众。
宣和二年（1120）十月初，方腊率众在歙县七贤村起义，以讨伐朱勔为号召，见到官吏及其爪牙全都杀掉；
宣和二年（1120）十一月末，方腊军在青溪县息坑（浙江淳安西）全歼两浙路常驻官军五千人；
宣和二年（1120）十二月初，方腊攻克睦州，占据寿昌、分水、桐庐、遂安等县，直趋当时花石纲指挥中心的杭州。
朝廷大震，宋徽宗一面先停了花石纲以缓和民怨，一面组织清剿。梁山军在东京的代表柴进，早就给枢密院打过预防针了，说梁山军剿王庆损失惨重，无力再出兵，最多供应些粮草。柴进还向徽宗进供了一些玻璃器皿，说是海外来的极品。以期获得宽松对待。
曾被梁山军俘虏的童贯，圣宠虽然不如以前，但鉴于朝廷无人可治军，武将不能用，文官只会喷，宋徽宗还是叫童贯这个宦官来组织新建十万御林军。
梁山军自受招安后，先败辽军，次平田虎，再灭王庆，可谓战功卓著。童贯绝不想让梁山军专美与前，正好梁山军也不愿出动。童贯便说服了徽宗，带这已经成型的十万御林军，加上从西军调王禀领三万军，河北军二万，还有各地节度使兵和州兵番兵五万，共二十万大军南下，清剿方腊。梁山军前后送了几批军粮去淮南东路交给了官军，算是也尽力了。
宣和二年（1120）腊月底，方腊攻克杭州；
宣和三年（1121）正月，童贯、王禀等分兵进击；
宣和三年（1121）二月，宋军包围杭州，方腊被迫退出杭州；
宣和三年（1121）三月初，宋军杨可世、刘镇部攻陷歙州，王禀部攻陷睦州；
宣和三年（1121）四月，衢州婺州青溪等城相继被官军夺回，方腊带领义军退守帮源峒。王禀、刘镇等各路宋军会合，层层包围帮源；
宣和三年（1121）四月末，宋军总攻，剿杀方腊军七万多，方腊及其妻邵氏