生物面前，他们所做的一切都成了无用功。最终，科幻世界被毁灭。在最后关头，胡正信发动了以自我牺牲为代价的化境“最终堡垒”，为吴能夺得了一线生机。而吴能留给玛丽的魂银，带着他的一缕灵魂在“古堡魅影”的世界中重生。
融合世界
从“古堡魅影”的世界中重生之后，吴能发现主神将各个游戏世界与现实相相互连接。在玛丽的帮助下，吴能回归了现实世界。
游戏世界与现实世界的连通，导致每个世界都发生了巨变。主神的代理人们开始侵入现实世界，意图将现实世界置于主神的掌握之下。而那些无限小队的玩家们，则大都被主神招揽，成为了主神的代理人。
为了击败主神的代理人们，吴能穿越各个世界中，依次找到他的老朋友们，组建成了一只名为“反叛者”的联军，来反抗主神。战火在整个世界上燃烧，吴能和组织一步一步接近着自己的目标，将主神的军队驱逐出现实世界。
最后，他们终于来到了主神空间之前，但他们却始终无法进入主神空间。关键时刻，吴能的养父刘国庆突然出现，原来他曾经是主神的合作者，传说中的1号代理人，但双方后来发生分歧。心灰意冷的刘国庆回归现实世界，想要阻止主神的计划，而王钰的父亲，则是他在现实世界中找到的帮手。他们原本想要培养王钰成为无限游戏的玩家，协助他们打败主神，但在科幻世界毁灭之时，王钰认为吴能是比自己更合格的玩家，所以将幸存的机会留给了吴能。
在刘国庆的自我牺牲之下，吴能得以打破主神空间的入口，进入其中，开始了自己最后的任务。
终极行动
吴能开始了最后一次行动。他进入主神空间之中，想要击败主神，救出自己的伙伴们。
在路途中，他遭遇了楚千岚的本体，亦敌亦友的两人最终决定合作。在楚千岚的帮助下，吴能终于走到了主神的面前。
见到真正的主神，吴能才终于了解到主神的真正身份：在未来的某个时间点，人类世界被异次元的敌人攻陷，人类将最后的希望交给了他们创造的终极机器人“拯救者号”身上，而这个机器人就是主神的真身。
“拯救者号”回到过去，利用未来科技创造了数个名为“游戏世界”的平行时空，目的是攫取这些游戏世界的力量，希望能最终阻止现实世界的毁灭。而之前“末日灾劫”世界中所发生的，就是主神曾经真实经历过的末日场景。
主神还创造了多个人造人，而周娜娜就是这些人造人中的一个。它早已察觉到了刘国庆的计划，所以安排周娜娜与王钰相识，使用这个人造人监督王钰等人的行动。但令它和刘国庆都未能想到的是，最后决定了这个世界命运的玩家，不是王钰，而是原本不在他们计划中的吴能。
主神希望吴能和它合作，但吴能知道，如果自己和主神合作，那些游戏世界就要迎来末日。主神反问吴能，既然他将这一切都视为一场游戏，为什么还要在意这些游戏世界的存亡。而吴能则告诉主神，他最初将一切都视为游戏，将游戏世界中的生命都视为npc，但现在他发现，自己已经和这些npc们产生了情感，没办法舍弃这些生命。
双方开始了最后的战斗。吴能最终击败了主神。主神濒临死亡，临死前它念念不忘着人类世界的命运。但吴能告诉主神，他已经想到了如何拯救人类世界。
吴能将自己的意志与主神融合为一体，舍弃了人类的身份，成为了现实世界和游戏世界共同的管理者。
在他的管理之下，各个世界之间展开了交流和融合。他复活了自己的队友们，并让队友们和代理人们一起，协助他管理这些世界，并开始一步步引导不同的世界之间展开交流。吴能相信，在遥远的未来，这些本不属于同一个世界的生物们，终究可以融合成为新的人类，而新的人类将会改变原本的毁灭命运。