高迎祥不敢在卢氏山久待，继续南下。起义军相继攻下淅川、内乡、光化，随后占领南阳。
起义军的战果很辉煌，但他们只是到处劫掠，不敢在任何一个地方停留。起义军跑得越快，河南巡抚元默手下的军兵跟得越急。
到了南阳，高迎祥召开军事会议，商议接下来该如何行动。
高迎祥手下有一个人名叫罗汝才，号称曹操。他足智多谋，也是三十六营的一名首领。罗汝才向高迎祥建议：“起义军人数太多，合在一起行动，目标太大。不如分兵两路。一路西向入川，一路南下湖广。”
高迎祥与其他头领平日里对于罗汝才的智谋还是非常钦佩的，故此同意了罗汝才的主张。高迎祥带兵入川，老回回等人带兵南下。
崇祯七年正月初五，罗汝才率先攻陷郧阳，随后渡汉水，攻襄阳，连克平利、白河等地。十四日，起义军破房县、陷保康，从凤县入四川。
郧阳告急、襄阳告急、湖北告急、四川告急的文书像雪片一样飞入京城。崇祯脑袋都要炸了。这外有后金把辽东与直隶、宣府等地搅了一个乌烟瘴气，内有高迎祥等三十六营把陕西、山西、河南、湖北、四川弄得马仰人翻，还让不让人消停了。
崇祯皇帝下旨，命四川巡抚、河南巡抚、湖北巡抚、山西巡抚四家巡抚联合剿杀起义军，务必要在今年完成任务。如果不能完成任务，各家巡抚提头来见。
兵部尚书张凤翼谏言：“这么多的巡抚联合剿杀叛贼固然是好，但他们职位相当，无法有效合作。臣请设置一名大员，统辖四省军务。”
崇祯想了想，觉得张凤翼说得在理，便向其他人询问：“众位卿家，何人堪当此任？”
很多大臣都推荐洪承畴，因为洪承畴在陕西、甘肃、宁夏三边剿匪的政绩斐然。
崇祯见张凤翼默然不语，便问道：“依卿家之意如何？”
张凤翼急忙回答：“洪承畴虽然堪当此任，但他已是三边总督，再都统河南、山西、四川、湖北四省军务，恐怕会权倾朝野，尾大难掉。”
崇祯皇帝点了点头，他觉得张凤翼说得在理：“那依卿之意，何人能都统三省兵力，共同剿贼？”
张凤翼答道：“延绥巡抚陈奇瑜堪当此任。”
崇祯皇帝想了想，立刻下旨，荣升陈奇瑜为四省军政总督，协同剿贼。另外崇祯加封直隶按察使卢象升为郧阳巡抚，配合陈奇瑜剿贼。
这里我要简单交待一下陈奇瑜。（前文里曾经提过。）
陈奇瑜，字玉铉，保徳州人。万历四十四年（1616）进士。初任洛阳知县。天启二年（1622）升任礼科给事中。天启六年（1626）春，奇瑜由户科左给事中出任陕西副使，又升为右参政，守南阳。
崇祯元年(162，升为分守道，不久先后担任陕西左、右布政使。五年，升为右佥都御史，接替张福臻巡抚延绥。
陈奇瑜本来一直身居洪承畴之下，此事与洪承畴平起平坐，也是有原因的。
陈奇瑜并非寻常的书呆子，他熟读兵书，善晓战策，对于打仗很有一套军事思想。他对待手下的将佐也非常好，
陈奇瑜最擅长的就是在起义军攻城夺寨的时候，突然出现在义军的后面，然后将其剿灭。陈奇瑜不喜欢在义军的后面一直追赶，他觉得这样太被动。他会联合各个地方的知府、知县紧守城池，自己则驱赶义军进入自己的包围圈，就像狼群赶羊一样。
陈奇瑜的做法非常有效，他先是派副将卢文善杀了截山虎、柳盗跖、金翅鹏，后派游击将军常怀德斩了薛仁贵。
陈奇瑜手下的参政戴君恩斩了一条龙、金刚钻、翻山鹞、黑煞神、人中虎、五阎王、马上飞，都司贺思贤斩了王登槐，巡检罗圣楚斩了马红狼、满天飞，参政张伯鲸斩了满鹅，活捉了黄参耀、隔沟飞，守备阎士衡斩了张聪、樊登科、樊计荣、一块铁、青背狼、穿山甲、老将军、二将军、满天星、上山虎，把总白士祥斩了扫地虎，守备郭金城斩了扒地虎、括天飞，守备郭太斩了跳山虎、新来将、就地滚、小黄莺、房日兔，游击罗世勋斩了贾总管、逼上天、小红旗，其他将领斩了草上飞、一只虎、一翅飞、云里手、四天王、薛红旗、独尾狼。
故此，他接替原先的延绥巡抚张福臻之后，连打胜仗，立功无数，延绥一带几乎再也瞅不见义军的影子。就连三边总督洪承畴都有些嫉妒。
陈奇瑜赶往河南，总督剿贼使命。他首先给四川巡抚刘汉儒写了一封书信，让他务必要在川中堵住起义军。
刘汉儒接到陈奇瑜书信的时候，张献忠已经带兵攻下了夔州（今重庆奉节），并包围了太平县（今四川达州）。
刘汉儒于崇祯五年春，出任四川巡抚。在他的治理下四川的百姓安居乐业，一片生平。张献忠的到来对他来说无疑是个致命的打击。他治下可以，打仗却一窍不通。夔州失陷，刘汉儒立刻手足无措。
刘汉儒手下的参政给刘汉儒出了一个主意：“如今贼兵入川，我等何不找石柱宣抚司派兵求助。”
刘汉儒一拍脑袋：“你瞧我这记性，对啊！此时，只有秦良玉可以退敌。”刘汉儒立刻亲笔写下一封书信，命人火速送往石柱宣抚司。
这四川、云南、贵州、两广等地与长江以北地区不大一样，这些地方世世代代居住着一些土著民族，是我国少数民族最多的地区。经过千年的历史变革，北方很多少数民族都被汉人融合同化，但长江以南尤其是西南地区的少数民族依然保持着原有的风土人情。他们很少迁徙，久在深山，有自己的风俗习惯。故此，汉人治理这些人很是头疼。他们经常与汉人发生矛盾，不服从汉人的统治。为此，自打三国时期蜀汉政权建立以来，就有土司与朝廷一同治