有的可能是还不够关心宝可梦的状态的失职的训练家。
总之，来到这家小店的宝可梦，都是因为生活的压力，或者内心的寂寞，所以它们来到了这个小店。
这里没有大悲大喜，却是地道人间烟火的气息。
在这家深夜食堂，每个夜晚都有温情故事上演：一脸凶相的喷火龙有着一颗柔软的心，总也不红的男歌星爆音怪很是苦恼，嘴巴毒辣的音符鹦鹉也有自己的烦恼，外表冷酷的飞天螳螂也有解不开的心结，立志要瘦的卡比兽为何越减越胖，可爱的岩狗狗喜欢上鸭大厨的故事……
这些温情动人的宝可梦们的故事，都在这个大城市里一个从深夜开始营业的大葱鸭小吃店，每个故事都配着简单美味的家常菜，时而温馨时而忧愁，不仅散发料理的香气，也洋溢着最质朴的宝可梦间的人情味。
最后，因为大葱鸭的训练家，为了追求自己的梦想，要去参加联盟的比赛。
不喜欢战斗的大葱鸭，为了不让自己的训练家失望，关闭了自己的小店，开始了每天痛苦战斗的生活。
然而，在它劳累的一天，伤痕累累的战斗了之后……训练家却没有关心它的情况……而是还沉浸在胜利的喜悦之中。
深夜里，大葱鸭总有一种想哭的冲动，它却找不到能够容纳它的压力，分担它的痛苦的，那一家温情的小店……
含泪睡去的大葱鸭，梦境中再次浮现了，那些熟悉的宝可梦们……喷火龙，它还在努力战斗吗……爆音怪成为歌星了吗……卡比兽减肥成功了吗……
岩狗狗，找到自己的幸福了吗……
随着大葱鸭的逐渐睡去……电影也终于落下了帷幕……
莲情不自禁的鼓起了掌……真的吗……原来宝可梦的背后，也要承担这么多的压力的吗……以后他是不是该对大葱鸭好一点……
莲下意识的看向了自己身边的大葱鸭，准备看看它的反应……
这厮居然已经睡着了……鼻涕泡都比它自己的脑袋大了……
莲看了看它……决定明天把岩狗狗的活也交给它干……这厮实在太欠了……
而南野，似乎非常忐忑，他不知道莲的感受是什么，他想知道，这部电影到底会不会受到观众们的喜爱。
其实，他完全多虑了。
温情的场景，美味的料理，可爱的宝可梦……和之后迫于生活的大葱鸭的无奈，参加自己不喜欢的战斗，最后含泪睡去的场景……
这种转折，和这种半开放的结局……莲觉得，即使无法成为神作，也能得到不少的票房。
南野导演这才稍微安心了下来，他现在真的需要鼓励……和认可……
最后，在莲的建议下，这部电影的剧名，由《一日三餐果然还是比不上夜宵啊！》改为了《深夜食堂》……