区称之为辐射污染区（其实并没有核战争，辐射污染区不过是另一个塔台的管理区域，因为入侵人类已经被火山暴发和海啸弄得所剩无几，再加上后来的运兵飞船大屠杀，人类几乎无还手之力）。维护人员工作期限为五年，所谓的给克隆人灌输的移居泰坦，不过是五年后之后把他们干掉，之后再另派一对克隆人过来,同时为避免克隆人起疑，泰特模拟人类的交流行为，模仿控制中心与宇宙飞航的通话行为，每天与各个塔台定时通话，为打发人类的寂寞时光，特泰还把克隆人安排成为情侣。如此重复，过了五十多年。
直到有一天，49号杰克在山洞（山洞不过是原来淹没在地下城市）里遇到泰特所指的外星人（人类幸存者为躲避无人机追杀而进行的，伪装之后的样子），49号杰克觉得外星人并非他之前想的那样残暴，当时他洞里捡到了一本书，49号杰克开始质疑自己的值价观。
某天，人类幸存者们发送了导航信息给奥德赛休眠仓，休眠仓在返回的过程中被49号杰克不顾“上级”命令，执意前往飞航降落地点，亲眼目睹了无人机杀害人类，他还同时发现了一直出现在他“梦中”的女人。无人机正要把最后这位飞船上的幸存者杀害时，49号克隆人杰克拿起武器与无人机对抗，之后把这女人带回塔台。
这位幸存者名叫“朱利亚·卢莎柯娃”，是俄罗斯的宇航员，是奥德赛船长克杰·哈勃的妻子，但她眼前这位丈夫似乎并不认识自己。杰克告诉朱利亚，她在休眠仓里睡了差不多60年，丈夫不认识自己，而且还跟副驾驶维多利亚·维卡成了情侣，她知道一定发生了什么事，但她不知道出了什么事，只有奥德赛的飞行记录仪知道答案。
朱利亚说服了49号杰克去飞奥德赛的飞行记录仪，在他们找到记录仪之后“不幸”被“外星人”捉住。最后才知道，这些所谓的外星人，不过是幸存的人类，幸存者中的指挥官马尔科姆·比奇告诉杰克，到辐射污染区能找到他想知道的答案。
离开人类阵地之后，朱利亚告诉49号杰克，自己是杰克的妻子（她当时还不知道49号杰克是克隆人），49号杰克带着妻子回到49号塔台准备把事情告诉自己的通讯官维卡。49号维卡无法忍受“情人“”的“背叛”，把杰克在外面的事情告知泰特。泰特知道克隆人接触到其他人类之后必然起疑，于是启动了塔台的无人机进行“清除”，49号维卡看见无人机枪口对准自己时不知所措，还没反应过来就被干掉了，正当无人机准备杀死49号杰克时，朱利亚开启维护技师的飞机把无人机干掉，救了49号杰克。泰特知道事情即将败露，于是引诱49号杰克带朱利亚一起“回家”，49号杰克已经有所察觉事有蹊跷，驾驶维护飞机离开时遭遇其他地方赶来的无人机追杀，之后在坠落在辐射污染区里，他看见了刚刚被自己打落的无人机旁边有一个似曾相似的身影，走过时发现，只不过是另一个自己，除了身上穿的衣服上的编号是52号之外，没有任何不同。
当时52号已把刚坠落的无人机修好，49号知道无人机一但启动，两个都难逃一死，49号杰克想把真相告诉52号杰克，但对方除了看到另一个跟自己长得一模一样的人时的迷惑和恐惧之外，什么也听不进去。这时朱利亚出现，52号见到了常在自己“梦中”出现的女人，一楞一楞时，49号杰克趁机52制服，并把无人机的电池拆掉，随后发现朱利亚在刚才不幸中枪，49号杰克驾驶52号的维护师飞机飞往52号塔台拿治疗工具，他又看到了另一个维卡，49号杰克瞬间明白了一切：没有什么辐射污染区，也没有什么移民坦泰星，一切都是谎言。
49号杰克带着治疗仪器回到刚朱利亚受伤的地方，救回了朱利亚，之后把她带到他们两人的的梦想之屋“湖边的房子”养伤，49号经过那一夜明白了自己的身份：他不是真正的杰克，但同样爱着朱利亚。
49号杰克明白了真相回到人类阵地，指挥官告诉了49号杰克他们的反抗计划，在设置了被人类截获的无人机导航之后，打开基地大门时，其他无人机冲了进来，反抗计划失败。49号杰克想起之前泰特的要求，于是将计就计，带着核弹进了泰特······