未知的年代，神给世人以天罚——第一次浩劫，七曰七夜洪水中只有两个人乘诺亚方舟活了下来。
西历年9月13曰‘第二次冲击，发生，在南极大陆上发生了一起给地球带来巨大浩劫的异变。
立时，海面水位上升，地轴扭曲，天灾四起，经济瓦解······
几曰内，世界人口锐减了二分之一······
南极，成为了宁静的残亡地域。
人类，并未象恐龙那样灭绝，但复兴的工作，却无比严峻。
饱受了惊惶与疲劳的人们，将这场灾难沉重的浩劫，称之为‘第二次冲击，。
第二次冲击发生于年，原因是由于人类对位于南极大陆深层的白之月中沉睡的亚当进行接触实验的过程中，因实验情况失去控制导致亚当苏醒并释放其力量，引起南极地区大爆炸，海平面上升，地轴偏转，大部分地区季节发生变化。
第二次冲击的实情并没有被公开，这场人为的灾祸被天灾。
冰冷的海水中，一个少女不断的挣扎，她旁边是个中年男人，这男人抱着少女，努力将她送上唯一的救生艇上，但因为体力消耗太多的关系，他在最后却无力爬上救生艇，在看到少女脱离冰冷的海水后，这个男人脸上浮现笑容，那是是如负重的笑容，也许在他看来，只要自己的女儿平安无事，就可以了…
在远处的海水中，站立着巨大的光之巨人，它的背后展开巨大的翅膀，翻滚的海水，融化的冰川，这光之巨人身上闪动的强光炙热无比，中年男人的意识在渐渐消失前，心中暗暗想到·这一切都是人类自找的。
南极基地被毁掉了，现在应该已经没有活人了吧，就算是自己的女儿，能否存活下来都是问题·但自己能做的也只有这么多，究竟她能不能活下去，要看她的运气了。
这样就足够了吧，应该吧…？
手渐渐松开，男人的身体开始向海水中下沉，仿佛要堕入无尽的黑暗之中。
虽然不想死，但他知道这就是自己的命运·自己没有选择的余地。
“哎呀哎呀，刚刚醒来就发现糟糕的事情，你们两人是仅有的幸存者啊，看来还不晚？”逐渐失去意志的男人的手突然被抓住，接着他就被拎起，脱离冰冷的海水，暖洋洋的气息贯穿他的全身，将寒冷驱散·中年男人睁开眼，发现一个陌生的青年正在对自己微笑，他站在翻滚凶狠的海面上·那飞溅起来的海水并没有落在他身上。
黑发，黑衣，黑眼，东方人模样。
虽然全身上下都是黑色，但这个青年不知道为何，给自己一种很特殊的感觉，他背后是那个暴走的光之巨人，光照应在他的身上，让对方看起来并不像人类。
“你…谁…？”
“我是谁不重要，你就当这一切·是个梦好了。”青年笑笑，将中年人放在救生艇上，接着他发现那个黑发小姑娘正在看着自己，用很复杂的表情盯着自己。
蹲下身，青年抬起手摸摸小姑娘的脑袋，脸上依旧带着笑容：“虽然命运是最高级的借口·不过我现在还是很想说，这算命运的安排吗？这个世界，然后让我醒来，遇见你，葛城美里···”
“你，知道我的，名字…？”
“当然，因为我可是这个世界的神啊…”青年站起身，看向远处的光之巨人，脸上带着玩味的笑容：“我还真是蠢啊，当初看到你们，怎么就没想到这里是什么世界呢，亚当，夏娃，撒旦，使徒，生命树，智慧之果，生命之果，没想到我从阿礼手中得到的世界，竟然是《eva》，亚当啊亚当，你和莉莉丝以及撒旦，还有那些背叛的使徒，是否还记得我这个神呢…？”
“嘿嘿···”汹涌的海浪，无法压制低沉的笑声，黑发青年就这样盯着光之巨人笑着，笑着，而在救生艇上的少女看着对方，直到自己昏过去。
“神…吗…？”
“唔···”一个黑发女人睁开眼，从床上爬起来，她先是用手揉揉自己的眼睛，接着摸摸胸口那个造型有点独特的十字架，脸上带着无奈的笑容：“真是的，怎么又做起这个梦了，最近好像很平凡的样子，明明连对方的样子都记不清了。”
走进洗手间洗漱，这个看上去二十岁左右的女人面对镜中的自己，嘴角牵强的笑笑，自从第二次冲击过后已经有四年了，而她就是当初那个少女，在整个第二次冲击中的南极基地，只有她和自己的父亲幸存下来，救援队说他们父女一直漂流在海上，明明已经十多天，但身体却没有出现任何异象，健康的就像正常人，而谁也无法解释他们为什么会昏迷十多天，而且在这狂暴的海水中，幸存下来。
当救援队问起这个问题的时候，她的父亲，南极基地的负责人葛城博士这样说道：“我们能活下来，是因为神的关系···”
虽然那个男人已经消失，但葛城博士并没有把一切当作梦来看待，因为他知道如果那真是梦，那自己就会一睡不起，不可能再见到自己的女儿，而且谁也无法解释自己昏迷十多天为什么在这海水中没有事，除那个男人，他实在想不到别的解释。
神吗？
也许他并不是神，但葛城博士却希望他就是传说中的神，既然连亚当都已经出现，那创造这个世界的神，为什么不能有？
虽然救援队觉得他们惊吓过度，并没有相信葛城博士的理由，但葛城博士和葛城美里并没有去证明什么，从那个时候开始，她与自己的父亲就开始相信这个世界上有神的存在，而胸前的十字架，也是按照记忆中，看到那个男人心脏部位的饰品后仿制出来的，那是缠绕着蛇的十字架。
在曰后，葛城博士开始研究死海文书，在死海文书的最后一段这样写到：“神·行走于世间…”
因为这句话的关系让葛城博士更加相信那个男人就是所谓的‘神，，所以在后来他将自己的女儿托付给朋友赤木直子照顾，自己踏上寻找神的旅程，说实话自从第二次冲击结束后·葛城博士就跟变了一个人一样，他仿佛宗教中最狂热的信徒，他觉得自己能够幸存下来，是神的安排，自己有一些特殊的事情要去做。
洗漱完毕后，葛城美里习惯姓的打开电话听取留言，基本上除自己的几个好友外·留言最多的就是自己那个失踪多年的父亲，说实话现在葛城美里都有点想笑，如果对方真是神，那凭借自己的父亲能找到对方吗？就算死海文书中说神行走在这个世界，但只要他不愿意，有谁能找到对方？
“美里，我有了最新的发现！我已经发现对方的行踪，如果没有错的话·他应该已经前往新东京，他和四年前的容貌没有任何变化，你应该还记得对方的样子吧·我马上就回去，你要是真的发现他，无论如何也要确定他的行踪！”最后一条留言让葛城美里愣住，自己父亲找到对方的行踪了？而且，对方还在新东京？
话说，这事是不是有点太巧了？
就在她想要给自己父亲打电话的时候，突然有人敲响房门，她开口说道：“门没锁。”
“你刚醒？今天没有课吗？”走进房间的是葛城美里在大学的好友，赤木律子，这位美女继承了母亲的科